BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat.Rout
R version 3.5.1 Patched (2018-07-24 r75005) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library(testthat)
> library(BgeeDB)
Loading required package: topGO
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind,
rowMeans, rowSums, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Loading required package: graph
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor
Vignettes contain introductory material; view with
'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
Loading required package: GO.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: stats4
Loading required package: IRanges
Loading required package: S4Vectors
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: SparseM
Attaching package: 'SparseM'
The following object is masked from 'package:base':
backsolve
groupGOTerms: GOBPTerm, GOMFTerm, GOCCTerm environments built.
Attaching package: 'topGO'
The following object is masked from 'package:IRanges':
members
Loading required package: tidyr
Attaching package: 'tidyr'
The following object is masked from 'package:S4Vectors':
expand
>
> Sys.setenv("R_TESTS" = "")
> test_check("BgeeDB")
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 14_0...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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downloaded 1164 bytes
Query to Bgee webservice successful!
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.tar.gz'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now untar C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.tar.gz file...
Saving all data in .rds file...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 13_2...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/bgee13/?page=species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/bgee13/?page=species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
downloaded 707 bytes
Query to Bgee webservice successful!
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_RPKM_GSE43721.tsv.zip'
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downloaded 898 KB
Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder. Now unzip C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_RPKM_GSE43721.tsv.zip file...
Saving all data in .rds file...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.tar.gz'
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downloaded 10 KB
Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/affymetrix/Mus_musculus/Mus_musculus_Affymetrix_experiments_chips.tar.gz'
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Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 13_2 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.zip'
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downloaded 9379 bytes
Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 13_2 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/affymetrix/Mus_musculus/Mus_musculus_Affymetrix_experiments_chips.zip'
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Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder.
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 14...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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downloaded 1164 bytes
Query to Bgee webservice successful!
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
Building URLs to retrieve organ relationships from Bgee.........
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Building URLs to retrieve organ names from Bgee.................
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Building URLs to retrieve mapping of gene to organs from Bgee...
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Parsing the results.............................................
Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......
Done.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
The experiment is not defined. Hence taking all rna_seq experiments available for Mus_musculus.
Downloading expression data...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM.tar.gz'
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downloaded 72.2 MB
Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now untar file...
Saving all data in .rds file...
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
NOTE: expression data file in .rds format was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 for GSE43721. Data will not be redownloaded.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: 0031742fe00df3f3e0de02500d288c03306e5250d5422c3082945335dfec197bbfcbc1bb59800dba882e7c4ff973342c97f61136856fb7b7e76c4ce49c607bfb
NOTE: an organ relationships file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
NOTE: an organ names file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
NOTE: a gene to organs mapping file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
Parsing the results.............................................
Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......
Done.
Checking topAnatData object.............
Checking gene list......................
WARNING: Some genes in your gene list have no expression data in Bgee, and will not be included in the analysis. 78 genes in background will be kept.
Building most specific Ontology terms... ( 1 Ontology terms found. )
Building DAG topology................... ( 11 Ontology terms and 12 relations. )
Annotating nodes (Can be long).......... ( 78 genes annotated to the Ontology terms. )
== testthat results ===========================================================
OK: 30 SKIPPED: 0 FAILED: 0
>
> proc.time()
user system elapsed
97.59 3.71 182.79
|
BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat.Rout
R version 3.5.1 Patched (2018-07-24 r75005) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library(testthat)
> library(BgeeDB)
Loading required package: topGO
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: 'BiocGenerics'
The following objects are masked from 'package:parallel':
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from 'package:stats':
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from 'package:base':
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
intersect, is.unsorted, lapply, lengths, mapply, match, mget,
order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind,
rowMeans, rowSums, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Loading required package: graph
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor
Vignettes contain introductory material; view with
'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
Loading required package: GO.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: stats4
Loading required package: IRanges
Loading required package: S4Vectors
Attaching package: 'S4Vectors'
The following object is masked from 'package:base':
expand.grid
Attaching package: 'IRanges'
The following object is masked from 'package:grDevices':
windows
Loading required package: SparseM
Attaching package: 'SparseM'
The following object is masked from 'package:base':
backsolve
groupGOTerms: GOBPTerm, GOMFTerm, GOCCTerm environments built.
Attaching package: 'topGO'
The following object is masked from 'package:IRanges':
members
Loading required package: tidyr
Attaching package: 'tidyr'
The following object is masked from 'package:S4Vectors':
expand
>
> Sys.setenv("R_TESTS" = "")
> test_check("BgeeDB")
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 14_0...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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downloaded 1164 bytes
Query to Bgee webservice successful!
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.tar.gz'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now untar C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.tar.gz file...
Saving all data in .rds file...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 13_2...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/bgee13/?page=species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/bgee13/?page=species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
downloaded 707 bytes
Query to Bgee webservice successful!
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_RPKM_GSE43721.tsv.zip'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder. Now unzip C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_RPKM_GSE43721.tsv.zip file...
Saving all data in .rds file...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Extracting expression data matrix...
Keeping only present genes.
Extracting features information...
Extracting samples information...
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.tar.gz'
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downloaded 10 KB
Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/affymetrix/Mus_musculus/Mus_musculus_Affymetrix_experiments_chips.tar.gz'
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Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 13_2 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.zip'
.........
downloaded 9379 bytes
Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 13_2 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
IMPORTANT INFORMATION: Be careful! You are not using the last release of the Bgee database! If it is not intentional you should update to the last version of Bioconductor and of the BgeeDB package. To update Bioconductor, see https://www.bioconductor.org/install/
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v13_2/download/processed_expr_values/affymetrix/Mus_musculus/Mus_musculus_Affymetrix_experiments_chips.zip'
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Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_13_2 folder.
Querying Bgee to get release information...
Building URL to query species in Bgee release 14...
Submitting URL to Bgee webservice... (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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downloaded 1164 bytes
Query to Bgee webservice successful!
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
Building URLs to retrieve organ relationships from Bgee.........
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Building URLs to retrieve organ names from Bgee.................
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Building URLs to retrieve mapping of gene to organs from Bgee...
URL successfully built (https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106)
Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'https://r.bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.6.2&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"
Parsing the results.............................................
Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......
Done.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
The experiment is not defined. Hence taking all rna_seq experiments available for Mus_musculus.
Downloading expression data...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_0/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM.tar.gz'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now untar file...
Saving all data in .rds file...
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
NOTE: expression data file in .rds format was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 for GSE43721. Data will not be redownloaded.
Querying Bgee to get release information...
NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.
API key built: dc11c47905c267d05f4070498fe3afb439fa83407fdb9130ad6074c75fd55bdbe7702d8e4405c0de53e3aa67a280228dd94297bd9b36f238c84edb74183fcaf9
NOTE: an organ relationships file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
NOTE: an organ names file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
NOTE: a gene to organs mapping file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.7-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.
Parsing the results.............................................
Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......
Done.
Checking topAnatData object.............
Checking gene list......................
WARNING: Some genes in your gene list have no expression data in Bgee, and will not be included in the analysis. 78 genes in background will be kept.
Building most specific Ontology terms... ( 1 Ontology terms found. )
Building DAG topology................... ( 11 Ontology terms and 12 relations. )
Annotating nodes (Can be long).......... ( 78 genes annotated to the Ontology terms. )
== testthat results ===========================================================
OK: 30 SKIPPED: 0 FAILED: 0
>
> proc.time()
user system elapsed
101.45 3.60 158.82
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