lab3Marray.R
################################################### ### chunk number 1: loadPacks ################################################### library(marrayNorm)
################################################### ### chunk number 2: loadData ################################################### data(swirl)
################################################### ### chunk number 3: swirl1 ################################################### class(swirl) slotNames(swirl) swirl
################################################### ### chunk number 4: swirl2 ################################################### maLayout(swirl) maGnames(swirl)
################################################### ### chunk number 5: subset ################################################### sw<-swirl[1:100,2] class(sw) sw
################################################### ### chunk number 6: RG ################################################### Gb<-maGb(swirl) dim(Gb) Gb[1:5,] Rf<-maRf(swirl) dim(Rf) Rf[1:5,] M<-maM(swirl) dim(M)
################################################### ### chunk number 7: image1 ################################################### tmp<-maImage(swirl[,3],x="maGb",bar=FALSE)
################################################### ### chunk number 8: image2 ################################################### tmp<-maImage(swirl[,1],col=maPalette(low="blue",high="yellow"),bar=FALSE)
################################################### ### chunk number 9: boxplot1 ################################################### maBoxplot(swirl[,1])
################################################### ### chunk number 10: boxplot2 ################################################### maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384) maBoxplot(swirl[,2],x="maPlate",names=NULL)
################################################### ### chunk number 11: boxplot3 ################################################### maBoxplot(swirl)
################################################### ### chunk number 12: norm ################################################### swirl.norm<-maNormMain(swirl)
################################################### ### chunk number 13: boxplot4 ################################################### maBoxplot(swirl.norm[,1])
################################################### ### chunk number 14: boxplot5 ################################################### maBoxplot(swirl.norm)