################################################### ### chunk number 1: loadAnnot1 ################################################### library(Biobase) library(annotate) library(tkWidgets) library(geneplotter) library(golubEsets) library(hu6800) library(GO)

################################################### ### chunk number 2: loadAnnot2 ################################################### library(EMBO03)

################################################### ### chunk number 3: hu6800 ################################################### hu6800()

################################################### ### chunk number 4: lsID ################################################### affyID <- ls(env=hu6800CHR) length(affyID)

################################################### ### chunk number 5: getID ################################################### mygene <- affyID[4001] mygene get(mygene, env = hu6800ACCNUM) get(mygene, env = hu6800LOCUSID) get(mygene, env = hu6800SYMBOL) get(mygene, env = hu6800GENENAME) get(mygene, env = hu6800SUMFUNC) get(mygene, env = hu6800UNIGENE) get(mygene, env = hu6800CHR) get(mygene, env = hu6800CHRLOC) get(mygene, env = hu6800CHRORI) get(mygene, env = hu6800MAP) get(mygene, env = hu6800PMID) get(mygene, env = hu6800GO)

################################################### ### chunk number 6: multigetID ################################################### fivegenes<-affyID[6:10] fivegenes multiget(fivegenes, env = hu6800PMID)

################################################### ### chunk number 7: easyGetID ################################################### getSYMBOL(fivegenes, data="hu6800") getLL(fivegenes, data="hu6800") getPMID(fivegenes, data="hu6800") gg<- getGO(fivegenes, data="hu6800") getGOdesc(gg[[2]], "MF")

################################################### ### chunk number 8: chromTable ################################################### whChrom <- multiget(affyID, env=hu6800CHR) table(unlist(whChrom)) vv<-sapply(whChrom, length) table(vv) whChrom[vv==2]

################################################### ### chunk number 9: browseURL ################################################### browseURL("www.r-project.org")

################################################### ### chunk number 10: pubMedAbst ################################################### slotNames("pubMedAbst")

################################################### ### chunk number 11: pubmed1 ################################################### pmids<-getPMID(mygene,data="hu6800") pubmed(pmids, disp="browser") absts1<-pubmed(pmids, disp="data")

################################################### ### chunk number 12: pubmed2 ################################################### absts2<-pm.getabst(fivegenes,"hu6800") lapply(absts2,length) absts2[[1]]

################################################### ### chunk number 13: pubmed3 ################################################### pm.titles(absts2) sapply(absts2, function(x) pm.abstGrep("[Pp]rotein", x))

################################################### ### chunk number 14: genbank ################################################### gbacc<-multiget(fivegenes,hu6800ACCNUM) genbank(gbacc,disp="browser") gb<-genbank(gbacc[1],disp="data")

################################################### ### chunk number 15: locuslink ################################################### llid<-getLL(fivegenes, data="hu6800") locuslinkByID(llid)

################################################### ### chunk number 16: ll.htmlpage ################################################### tengenes <- affyID[1:10] llid<-getLL(tengenes, data="hu6800") symb<-getSYMBOL(tengenes, data="hu6800") map<-multiget(tengenes,hu6800MAP) res<-data.frame(tengenes,cbind(unlist(symb),unlist(map))) names(res)<-c("Affy ID","Gene symbol", "Chromosomal location") ll.htmlpage(llid, filename="ll.html", title="HTML report for 10 genes", othernames=res, table.head=c("LocusID",names(res)), table.center = TRUE)

################################################### ### chunk number 17: chromLoc ################################################### slotNames("chromLoc") data(hu6800ChrClass) species(hu6800ChrClass) chromNames(hu6800ChrClass)

################################################### ### chunk number 18: cPlot1 ################################################### cPlot(hu6800ChrClass,scale="relative")

################################################### ### chunk number 19: cPlot2 ################################################### cPlot(hu6800ChrClass,scale="max")

################################################### ### chunk number 20: alongChrom1 ################################################### data(golubTrain) cols<-as.numeric(pData(golubTrain)$ALL.AML)+1 alongChrom(golubTrain,chrom=1,specChrom=hu6800ChrClass,colors=cols)

################################################### ### chunk number 21: alongChrom2 ################################################### alongChrom(golubTrain,chrom=22,specChrom=hu6800ChrClass,plotFormat="image")