Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.22:   simplified   long
ABCDEFGHIJKLMNOPQR[S]TUVWXYZ

This page was generated on 2025-11-03 12:05 -0500 (Mon, 03 Nov 2025).

HostnameOSArch (*)R versionInstalled pkgs
nebbiolo2Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS)x86_644.5.1 Patched (2025-08-23 r88802) -- "Great Square Root" 4902
lconwaymacOS 12.7.6 Montereyx86_644.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" 4692
kjohnson3macOS 13.7.7 Venturaarm644.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" 4638
Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers)      (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X

Package 2162/2361HostnameOS / ArchINSTALLBUILDCHECKBUILD BIN
svaRetro 1.16.0  (landing page)
Ruining Dong
Snapshot Date: 2025-11-02 13:45 -0500 (Sun, 02 Nov 2025)
git_url: https://git.bioconductor.org/packages/svaRetro
git_branch: RELEASE_3_22
git_last_commit: 11afdf0
git_last_commit_date: 2025-10-29 11:11:45 -0500 (Wed, 29 Oct 2025)
nebbiolo2Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) / x86_64  OK    ERROR  skipped
lconwaymacOS 12.7.6 Monterey / x86_64  OK    ERROR  skippedskipped
kjohnson3macOS 13.7.7 Ventura / arm64  OK    ERROR  skippedskipped

BUILD results for svaRetro on kjohnson3

To the developers/maintainers of the svaRetro package:
- Allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/svaRetro.git to reflect on this report. See Troubleshooting Build Report for more information.
- Use the following Renviron settings to reproduce errors and warnings.
- If 'R CMD check' started to fail recently on the Linux builder(s) over a missing dependency, add the missing dependency to 'Suggests:' in your DESCRIPTION file. See Renviron.bioc for more information.

raw results


Summary

Package: svaRetro
Version: 1.16.0
Command: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro
StartedAt: 2025-11-02 17:55:36 -0500 (Sun, 02 Nov 2025)
EndedAt: 2025-11-02 17:56:04 -0500 (Sun, 02 Nov 2025)
EllapsedTime: 28.3 seconds
RetCode: 1
Status:   ERROR  
PackageFile: None
PackageFileSize: NA

Command output

##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro
###
##############################################################################
##############################################################################


* checking for file ‘svaRetro/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘svaRetro’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘svaRetro.Rmd’ using rmarkdown

Quitting from svaRetro.Rmd:86-92 [unnamed-chunk-3]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `mergeNamedAtomicVectors()`:
! sequence MT has incompatible seqlengths:
  - in 'x': 16571
  - in 'y': 16569
---
Backtrace:
     ▆
  1. └─svaRetro::rtDetect(RT_gr, hg19.genes, maxgap = 10, minscore = 0.8)
  2.   ├─IRanges::findOverlaps(...)
  3.   └─GenomicRanges::findOverlaps(...)
  4.     └─GenomicRanges (local) .local(query, subject, maxgap, minoverlap, type, select, ...)
  5.       └─GenomicRanges:::findOverlaps_GNCList(...)
  6.         ├─base::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject))
  7.         └─Seqinfo::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject))
  8.           └─Seqinfo:::.merge_Seqinfo_objects(x, y, ...)
  9.             └─Seqinfo:::.merge_two_Seqinfo_objects(x, y)
 10.               └─Seqinfo:::mergeNamedAtomicVectors(...)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Error: processing vignette 'svaRetro.Rmd' failed with diagnostics:
sequence MT has incompatible seqlengths:
  - in 'x': 16571
  - in 'y': 16569
--- failed re-building ‘svaRetro.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘svaRetro.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted