Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.22: simplified long |
|
This page was generated on 2025-10-09 12:07 -0400 (Thu, 09 Oct 2025).
Hostname | OS | Arch (*) | R version | Installed pkgs |
---|---|---|---|---|
nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) | x86_64 | 4.5.1 Patched (2025-08-23 r88802) -- "Great Square Root" | 4854 |
lconway | macOS 12.7.1 Monterey | x86_64 | 4.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" | 4642 |
kjohnson3 | macOS 13.7.7 Ventura | arm64 | 4.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" | 4587 |
taishan | Linux (openEuler 24.03 LTS) | aarch64 | 4.5.0 (2025-04-11) -- "How About a Twenty-Six" | 4584 |
Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers) (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X |
Package 2142/2341 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||||
svaRetro 1.15.1 (landing page) Ruining Dong
| nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) / x86_64 | OK | ERROR | skipped | |||||||||
lconway | macOS 12.7.1 Monterey / x86_64 | OK | ERROR | skipped | skipped | |||||||||
kjohnson3 | macOS 13.7.7 Ventura / arm64 | OK | ERROR | skipped | skipped | |||||||||
taishan | Linux (openEuler 24.03 LTS) / aarch64 | OK | OK | OK | ||||||||||
To the developers/maintainers of the svaRetro package: - Allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/svaRetro.git to reflect on this report. See Troubleshooting Build Report for more information. - Use the following Renviron settings to reproduce errors and warnings. - If 'R CMD check' started to fail recently on the Linux builder(s) over a missing dependency, add the missing dependency to 'Suggests:' in your DESCRIPTION file. See Renviron.bioc for more information. |
Package: svaRetro |
Version: 1.15.1 |
Command: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro |
StartedAt: 2025-10-08 17:59:29 -0400 (Wed, 08 Oct 2025) |
EndedAt: 2025-10-08 17:59:58 -0400 (Wed, 08 Oct 2025) |
EllapsedTime: 29.3 seconds |
RetCode: 1 |
Status: ERROR |
PackageFile: None |
PackageFileSize: NA |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘svaRetro/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘svaRetro’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘svaRetro.Rmd’ using rmarkdown Quitting from svaRetro.Rmd:86-92 [unnamed-chunk-3] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ <error/rlang_error> Error in `mergeNamedAtomicVectors()`: ! sequence MT has incompatible seqlengths: - in 'x': 16571 - in 'y': 16569 --- Backtrace: ▆ 1. └─svaRetro::rtDetect(RT_gr, hg19.genes, maxgap = 10, minscore = 0.8) 2. ├─IRanges::findOverlaps(...) 3. └─GenomicRanges::findOverlaps(...) 4. └─GenomicRanges (local) .local(query, subject, maxgap, minoverlap, type, select, ...) 5. └─GenomicRanges:::findOverlaps_GNCList(...) 6. ├─base::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject)) 7. └─Seqinfo::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject)) 8. └─Seqinfo:::.merge_Seqinfo_objects(x, y, ...) 9. └─Seqinfo:::.merge_two_Seqinfo_objects(x, y) 10. └─Seqinfo:::mergeNamedAtomicVectors(...) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'svaRetro.Rmd' failed with diagnostics: sequence MT has incompatible seqlengths: - in 'x': 16571 - in 'y': 16569 --- failed re-building ‘svaRetro.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘svaRetro.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted