| Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.22: simplified long |
|
This page was generated on 2025-10-11 12:06 -0400 (Sat, 11 Oct 2025).
| Hostname | OS | Arch (*) | R version | Installed pkgs |
|---|---|---|---|---|
| nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) | x86_64 | 4.5.1 Patched (2025-08-23 r88802) -- "Great Square Root" | 4864 |
| lconway | macOS 12.7.1 Monterey | x86_64 | 4.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" | 4652 |
| kjohnson3 | macOS 13.7.7 Ventura | arm64 | 4.5.1 Patched (2025-09-10 r88807) -- "Great Square Root" | 4597 |
| taishan | Linux (openEuler 24.03 LTS) | aarch64 | 4.5.0 (2025-04-11) -- "How About a Twenty-Six" | 4586 |
| Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers) (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X | ||||
| Package 2147/2346 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||||
| svaRetro 1.15.1 (landing page) Ruining Dong
| nebbiolo2 | Linux (Ubuntu 24.04.3 LTS) / x86_64 | OK | ERROR | skipped | |||||||||
| lconway | macOS 12.7.1 Monterey / x86_64 | OK | ERROR | skipped | skipped | |||||||||
| kjohnson3 | macOS 13.7.7 Ventura / arm64 | OK | ERROR | skipped | skipped | |||||||||
| taishan | Linux (openEuler 24.03 LTS) / aarch64 | OK | ERROR | skipped | ||||||||||
|
To the developers/maintainers of the svaRetro package: - Allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/svaRetro.git to reflect on this report. See Troubleshooting Build Report for more information. - Use the following Renviron settings to reproduce errors and warnings. - If 'R CMD check' started to fail recently on the Linux builder(s) over a missing dependency, add the missing dependency to 'Suggests:' in your DESCRIPTION file. See Renviron.bioc for more information. |
| Package: svaRetro |
| Version: 1.15.1 |
| Command: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro |
| StartedAt: 2025-10-10 17:52:44 -0400 (Fri, 10 Oct 2025) |
| EndedAt: 2025-10-10 17:53:13 -0400 (Fri, 10 Oct 2025) |
| EllapsedTime: 29.3 seconds |
| RetCode: 1 |
| Status: ERROR |
| PackageFile: None |
| PackageFileSize: NA |
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data svaRetro
###
##############################################################################
##############################################################################
* checking for file ‘svaRetro/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘svaRetro’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘svaRetro.Rmd’ using rmarkdown
Quitting from svaRetro.Rmd:86-92 [unnamed-chunk-3]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `mergeNamedAtomicVectors()`:
! sequence MT has incompatible seqlengths:
- in 'x': 16571
- in 'y': 16569
---
Backtrace:
▆
1. └─svaRetro::rtDetect(RT_gr, hg19.genes, maxgap = 10, minscore = 0.8)
2. ├─IRanges::findOverlaps(...)
3. └─GenomicRanges::findOverlaps(...)
4. └─GenomicRanges (local) .local(query, subject, maxgap, minoverlap, type, select, ...)
5. └─GenomicRanges:::findOverlaps_GNCList(...)
6. ├─base::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject))
7. └─Seqinfo::merge(seqinfo(query), seqinfo(subject))
8. └─Seqinfo:::.merge_Seqinfo_objects(x, y, ...)
9. └─Seqinfo:::.merge_two_Seqinfo_objects(x, y)
10. └─Seqinfo:::mergeNamedAtomicVectors(...)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Error: processing vignette 'svaRetro.Rmd' failed with diagnostics:
sequence MT has incompatible seqlengths:
- in 'x': 16571
- in 'y': 16569
--- failed re-building ‘svaRetro.Rmd’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘svaRetro.Rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted