Zheng Wei
| Snapshot Date: 2018-04-11 16:45:18 -0400 (Wed, 11 Apr 2018) |
| URL: https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2 |
| Branch: RELEASE_3_6 |
| Last Commit: a2f9d16 |
| Last Changed Date: 2018-02-22 05:54:14 -0400 (Thu, 22 Feb 2018) |
| Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.6 |
|
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| Package 1128/1472 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
| Rbowtie2 1.0.2 Zheng Wei
| malbec1 | Linux (Ubuntu 16.04.1 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | | ||||||
| tokay1 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | OK | OK | | ||||||
| veracruz1 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | [ OK ] | |
| Package: Rbowtie2 |
| Version: 1.0.2 |
| Command: rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.0.2.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir |
| StartedAt: 2018-04-12 12:04:42 -0400 (Thu, 12 Apr 2018) |
| EndedAt: 2018-04-12 12:06:24 -0400 (Thu, 12 Apr 2018) |
| EllapsedTime: 101.3 seconds |
| RetCode: 0 |
| Status: OK |
| PackageFile: Rbowtie2_1.0.2.tgz |
| PackageFileSize: 1.394 MiB |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### rm -rf Rbowtie2.buildbin-libdir && mkdir Rbowtie2.buildbin-libdir && /Users/biocbuild/BBS/utils/build-universal.sh Rbowtie2_1.0.2.tar.gz /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R Rbowtie2.buildbin-libdir ### ############################################################################## ############################################################################## >>>>>>> >>>>>>> INSTALLATION WITH 'R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --library=Rbowtie2.buildbin-libdir Rbowtie2_1.0.2.tar.gz' >>>>>>> * installing *source* package ‘Rbowtie2’ ... (cd adapterremoval && (make clean -f Makefile)) rm -f AdapterRemoval rm -f ../../inst/AdapterRemoval rm -f *.o (cd bowtie2 && (make clean -f Makefile)) rm -f ../../inst/bowtie2-align-s rm -f ../../inst/bowtie2-build-s rm -f bowtie2-align-s rm -f bowtie2-build-s rm -f *.o rm -f *.so rm -f *.o ** libs ** arch - mkdir -p ../inst (cd adapterremoval && (make CXX="g++ -std=gnu++11" -f Makefile)) g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c adapterset.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c alignment.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c argparse.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c debug.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c demultiplex.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_enc.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c fastq_io.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c linereader_joined.cc g++ -std=gnu++11 -O3 -pthread -DNDEBUG -c 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package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (Rbowtie2) >>>>>>> >>>>>>> FIXING LINKS FOR Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so >>>>>>> install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libgcc_s.1.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libgfortran.3.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libgfortran.3.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.5.2.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libreadline.5.2.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libreadline.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libreadline.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so" install_name_tool -change "/usr/local/lib/libquadmath.0.dylib" "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libquadmath.0.dylib" "Rbowtie2.buildbin-libdir/Rbowtie2/libs//Rbowtie2.so"