Multiple platform build/check report for BioC 3.6 - CHECK report for BgeeDB on tokay1


R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> library(testthat)
> library(BgeeDB)
Loading required package: topGO
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: 'BiocGenerics'

The following objects are masked from 'package:parallel':

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
    clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
    parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from 'package:stats':

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from 'package:base':

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, cbind, colMeans, colSums, colnames, do.call,
    duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,
    lapply, lengths, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int,
    pmin, pmin.int, rank, rbind, rowMeans, rowSums, rownames, sapply,
    setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which,
    which.max, which.min

Loading required package: graph
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Loading required package: GO.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: stats4
Loading required package: IRanges
Loading required package: S4Vectors

Attaching package: 'S4Vectors'

The following object is masked from 'package:base':

    expand.grid


Loading required package: SparseM

Attaching package: 'SparseM'

The following object is masked from 'package:base':

    backsolve


groupGOTerms: 	GOBPTerm, GOMFTerm, GOCCTerm environments built.

Attaching package: 'topGO'

The following object is masked from 'package:IRanges':

    members

Loading required package: tidyr

Attaching package: 'tidyr'

The following object is masked from 'package:S4Vectors':

    expand

> 
> Sys.setenv("R_TESTS" = "")
> test_check("BgeeDB")

Querying Bgee to get release information...

Building URL to query species in Bgee release 14_0...

Submitting URL to Bgee webservice... (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes


Query to Bgee webservice successful!

API key built: e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04

Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.zip'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now unzip C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.zip file...

Saving all data in .rds file...

Extracting expression data matrix...
  Keeping only present genes.

Extracting features information...

Extracting samples information...

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04

Downloading annotation files...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.zip'
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downloaded 10 KB


Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.

Querying Bgee to get release information...

Building URL to query species in Bgee release 14...

Submitting URL to Bgee webservice... (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes


Query to Bgee webservice successful!

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04

Building URLs to retrieve organ relationships from Bgee.........
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Building URLs to retrieve organ names from Bgee.................
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Building URLs to retrieve mapping of gene to organs from Bgee...
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Parsing the results.............................................

Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......

Done.

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_i386/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: e24b94234cef981be089acba7046ee086243b146648de74ea8a3a21ddf4e91d09c89071fcfde1e59dbfd12b9e74129eea93848f3480d48030786a94e1db52e04

The experiment is not defined. Hence taking all rna_seq experiments available for Mus_musculus.

Downloading expression data...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM.zip'
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R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> library(testthat)
> library(BgeeDB)
Loading required package: topGO
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: 'BiocGenerics'

The following objects are masked from 'package:parallel':

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
    clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
    parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from 'package:stats':

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from 'package:base':

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, cbind, colMeans, colSums, colnames, do.call,
    duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,
    lapply, lengths, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int,
    pmin, pmin.int, rank, rbind, rowMeans, rowSums, rownames, sapply,
    setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which,
    which.max, which.min

Loading required package: graph
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Loading required package: GO.db
Loading required package: AnnotationDbi
Loading required package: stats4
Loading required package: IRanges
Loading required package: S4Vectors

Attaching package: 'S4Vectors'

The following object is masked from 'package:base':

    expand.grid


Loading required package: SparseM

Attaching package: 'SparseM'

The following object is masked from 'package:base':

    backsolve


groupGOTerms: 	GOBPTerm, GOMFTerm, GOCCTerm environments built.

Attaching package: 'topGO'

The following object is masked from 'package:IRanges':

    members

Loading required package: tidyr

Attaching package: 'tidyr'

The following object is masked from 'package:S4Vectors':

    expand

> 
> Sys.setenv("R_TESTS" = "")
> test_check("BgeeDB")

Querying Bgee to get release information...

Building URL to query species in Bgee release 14_0...

Submitting URL to Bgee webservice... (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes


Query to Bgee webservice successful!

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

Downloading expression data for the experiment GSE43721 ...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM_GSE43721.tsv.zip'
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Saving all data in .rds file...

Extracting expression data matrix...
  Keeping only present genes.

Extracting features information...

Extracting samples information...

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

Downloading annotation files...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_experiments_libraries.zip'
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downloaded 10 KB


Saved annotation files in C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder.

Querying Bgee to get release information...

Building URL to query species in Bgee release 14...

Submitting URL to Bgee webservice... (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_all_species&display_type=tsv&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
.
downloaded 1164 bytes


Query to Bgee webservice successful!

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

Building URLs to retrieve organ relationships from Bgee.........
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entity_relations&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=SOURCE_ID&attr_list=TARGET_ID&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Building URLs to retrieve organ names from Bgee.................
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_anat_entities&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=ID&attr_list=NAME&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Building URLs to retrieve mapping of gene to organs from Bgee...
   URL successfully built (http://bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106)
   Submitting URL to Bgee webservice (can be long)
trying URL 'http://bgee.org/?page=r_package&action=get_expression_calls&display_type=tsv&species_list=10090&attr_list=GENE_ID&attr_list=ANAT_ENTITY_ID&api_key=6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f&source=BgeeDB_R_package&source_version=2.5.0&data_type=RNA_SEQ&data_qual=SILVER&stage_id=UBERON:0000106'
Content type 'text/tab-separated-values;charset=UTF-8' length unknown
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   Got results from Bgee webservice. Files are written in "C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0"

Parsing the results.............................................

Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......

Done.

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

The experiment is not defined. Hence taking all rna_seq experiments available for Mus_musculus.

Downloading expression data...
trying URL 'ftp://ftp.bgee.org/bgee_v14_beta/download/processed_expr_values/rna_seq/Mus_musculus/Mus_musculus_RNA-Seq_read_counts_TPM_FPKM.zip'
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Saved expression data file in C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 folder. Now unzip file...

Read 83.8% of 572748 rows
Read 572748 rows and 16 (of 16) columns from 0.096 GB file in 00:00:03

Read 7.0% of 1718244 rows
Read 36.1% of 1718244 rows
Read 63.4% of 1718244 rows
Read 92.0% of 1718244 rows
Read 1718244 rows and 16 (of 16) columns from 0.284 GB file in 00:00:06

Read 71.5% of 811393 rows
Read 811393 rows and 16 (of 16) columns from 0.141 GB file in 00:00:03

Read 62.9% of 1240954 rows
Read 1240954 rows and 16 (of 16) columns from 0.213 GB file in 00:00:04

Saving all data in .rds file...

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

NOTE: expression data file in .rds format was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0 for GSE43721. Data will not be redownloaded.

Querying Bgee to get release information...

NOTE: the file describing Bgee species information for release 14_0 was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat. Data will not be redownloaded.

API key built: 6310a997e081940423772fdabc3bf074f6fe2b692175daa43375445808351bb8482acca8ad424c0aa26abfdd4e72773ccf6dc72793f19f6edab3fe2d4afffd6f

NOTE: an organ relationships file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.

NOTE: an organ names file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.

NOTE: a gene to organs mapping file was found in the download directory C:/Users/biocbuild/bbs-3.6-bioc/meat/BgeeDB.Rcheck/tests_x64/testthat/Mus_musculus_Bgee_14_0. Data will not be redownloaded.

Parsing the results.............................................

Adding BGEE:0 as unique root of all terms of the ontology.......

Done.

Checking topAnatData object.............

Checking gene list......................

WARNING: Some genes in your gene list have no expression data in Bgee, and will not be included in the analysis. 78 genes in background will be kept.

Building most specific Ontology terms...  (  1  Ontology terms found. )

Building DAG topology...................  (  11  Ontology terms and  12  relations. )

Annotating nodes (Can be long)..........  (  78  genes annotated to the Ontology terms. )
== testthat results  ===========================================================
OK: 20 SKIPPED: 0 FAILED: 0
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  87.45    5.09  112.07

CHECK report for BgeeDB on tokay1

Summary

Command output

Installation output

Tests output

Example timings