Back to Multiple platform build/check report for BioC 3.15
ABCDEF[G]HIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

This page was generated on 2022-03-18 11:07:38 -0400 (Fri, 18 Mar 2022).

HostnameOSArch (*)R versionInstalled pkgs
nebbiolo1Linux (Ubuntu 20.04.4 LTS)x86_64R Under development (unstable) (2022-02-17 r81757) -- "Unsuffered Consequences" 4334
riesling1Windows Server 2019 Standardx64R Under development (unstable) (2021-11-21 r81221) -- "Unsuffered Consequences" 4097
palomino3Windows Server 2022 Datacenterx64R Under development (unstable) (2022-02-17 r81757 ucrt) -- "Unsuffered Consequences" 4083
merida1macOS 10.14.6 Mojavex86_64R Under development (unstable) (2022-03-02 r81842) -- "Unsuffered Consequences" 4134
Click on any hostname to see more info about the system (e.g. compilers)      (*) as reported by 'uname -p', except on Windows and Mac OS X

CHECK results for getDEE2 on riesling1


To the developers/maintainers of the getDEE2 package:
- Please allow up to 24 hours (and sometimes 48 hours) for your latest push to git@git.bioconductor.org:packages/getDEE2.git to
reflect on this report. See How and When does the builder pull? When will my changes propagate? here for more information.
- Make sure to use the following settings in order to reproduce any error or warning you see on this page.

raw results

Package 774/2090HostnameOS / ArchINSTALLBUILDCHECKBUILD BIN
getDEE2 1.5.0  (landing page)
Mark Ziemann
Snapshot Date: 2022-03-17 13:55:23 -0400 (Thu, 17 Mar 2022)
git_url: https://git.bioconductor.org/packages/getDEE2
git_branch: master
git_last_commit: 3356ac4
git_last_commit_date: 2021-10-26 13:00:18 -0400 (Tue, 26 Oct 2021)
nebbiolo1Linux (Ubuntu 20.04.4 LTS) / x86_64  OK    OK    OK  UNNEEDED, same version is already published
riesling1Windows Server 2019 Standard / x64  OK    OK    OK    OK  
palomino3Windows Server 2022 Datacenter / x64  OK    OK    OK    OK  UNNEEDED, same version is already published
merida1macOS 10.14.6 Mojave / x86_64  OK    OK    OK    OK  UNNEEDED, same version is already published

Summary

Package: getDEE2
Version: 1.5.0
Command: D:\biocbuild\bbs-3.15-bioc\R\bin\R.exe CMD check --no-multiarch --install=check:getDEE2.install-out.txt --library=D:\biocbuild\bbs-3.15-bioc\R\library --no-vignettes --timings getDEE2_1.5.0.tar.gz
StartedAt: 2022-03-17 19:12:04 -0400 (Thu, 17 Mar 2022)
EndedAt: 2022-03-17 19:16:15 -0400 (Thu, 17 Mar 2022)
EllapsedTime: 250.7 seconds
RetCode: 0
Status:   OK  
CheckDir: getDEE2.Rcheck
Warnings: 0

Command output

##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   D:\biocbuild\bbs-3.15-bioc\R\bin\R.exe CMD check --no-multiarch --install=check:getDEE2.install-out.txt --library=D:\biocbuild\bbs-3.15-bioc\R\library --no-vignettes --timings getDEE2_1.5.0.tar.gz
###
##############################################################################
##############################################################################


* using log directory 'D:/biocbuild/bbs-3.15-bioc/meat/getDEE2.Rcheck'
* using R Under development (unstable) (2021-11-21 r81221)
* using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit)
* using session charset: ISO8859-1
* using option '--no-vignettes'
* checking for file 'getDEE2/DESCRIPTION' ... OK
* this is package 'getDEE2' version '1.5.0'
* package encoding: UTF-8
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... OK
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for hidden files and directories ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking whether package 'getDEE2' can be installed ... OK
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking 'build' directory ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking for left-over files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking R files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* checking dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... NOTE
srx_agg: no visible global function definition for 'is'
Undefined global functions or variables:
  is
Consider adding
  importFrom("methods", "is")
to your NAMESPACE file (and ensure that your DESCRIPTION Imports field
contains 'methods').
* checking Rd files ... OK
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking files in 'vignettes' ... OK
* checking examples ... OK
Examples with CPU (user + system) or elapsed time > 5s
                user system elapsed
getDEE2_bundle  2.37   1.15   13.64
getDEE2         1.30   0.65   15.83
Tx2Gene         0.70   0.67    8.10
loadGeneInfo    0.16   0.36    6.50
loadTxInfo      0.24   0.28    6.39
srx_agg         0.20   0.32    6.39
loadGeneCounts  0.14   0.34    6.52
loadFullMeta    0.12   0.36    6.39
loadTxCounts    0.19   0.28    9.55
loadQcMx        0.14   0.31    6.36
se              0.16   0.29    6.44
loadSummaryMeta 0.18   0.18    6.42
* checking for unstated dependencies in 'tests' ... OK
* checking tests ...
  Running 'test-getDEE2.R'
 OK
* checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
* checking package vignettes in 'inst/doc' ... OK
* checking running R code from vignettes ... SKIPPED
* checking re-building of vignette outputs ... SKIPPED
* checking PDF version of manual ... OK
* DONE

Status: 1 NOTE
See
  'D:/biocbuild/bbs-3.15-bioc/meat/getDEE2.Rcheck/00check.log'
for details.

Installation output

getDEE2.Rcheck/00install.out

##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
###   D:\biocbuild\bbs-3.15-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL getDEE2
###
##############################################################################
##############################################################################


* installing to library 'D:/biocbuild/bbs-3.15-bioc/R/library'
* installing *source* package 'getDEE2' ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
  converting help for package 'getDEE2'
    finding HTML links ... done
    Tx2Gene                                 html  
    getDEE2                                 html  
    getDEE2Metadata                         html  
    getDEE2_bundle                          html  
    list_bundles                            html  
    loadFullMeta                            html  
    loadGeneCounts                          html  
    loadGeneInfo                            html  
    loadQcMx                                html  
    loadSummaryMeta                         html  
    loadTxCounts                            html  
    loadTxInfo                              html  
    queryDEE2                               html  
    query_bundles                           html  
    se                                      html  
    srx_agg                                 html  
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (getDEE2)
Making 'packages.html' ...Warning in packageDescription(i, lib.loc = lib, fields = "Title", encoding = "UTF-8") :
  DESCRIPTION file of package 'mAPKL' is missing or broken
 done

Tests output

getDEE2.Rcheck/tests/test-getDEE2.Rout


R Under development (unstable) (2021-11-21 r81221) -- "Unsuffered Consequences"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> library("getDEE2")
> library("SummarizedExperiment")
Loading required package: MatrixGenerics
Loading required package: matrixStats

Attaching package: 'MatrixGenerics'

The following objects are masked from 'package:matrixStats':

    colAlls, colAnyNAs, colAnys, colAvgsPerRowSet, colCollapse,
    colCounts, colCummaxs, colCummins, colCumprods, colCumsums,
    colDiffs, colIQRDiffs, colIQRs, colLogSumExps, colMadDiffs,
    colMads, colMaxs, colMeans2, colMedians, colMins, colOrderStats,
    colProds, colQuantiles, colRanges, colRanks, colSdDiffs, colSds,
    colSums2, colTabulates, colVarDiffs, colVars, colWeightedMads,
    colWeightedMeans, colWeightedMedians, colWeightedSds,
    colWeightedVars, rowAlls, rowAnyNAs, rowAnys, rowAvgsPerColSet,
    rowCollapse, rowCounts, rowCummaxs, rowCummins, rowCumprods,
    rowCumsums, rowDiffs, rowIQRDiffs, rowIQRs, rowLogSumExps,
    rowMadDiffs, rowMads, rowMaxs, rowMeans2, rowMedians, rowMins,
    rowOrderStats, rowProds, rowQuantiles, rowRanges, rowRanks,
    rowSdDiffs, rowSds, rowSums2, rowTabulates, rowVarDiffs, rowVars,
    rowWeightedMads, rowWeightedMeans, rowWeightedMedians,
    rowWeightedSds, rowWeightedVars

Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics

Attaching package: 'BiocGenerics'

The following objects are masked from 'package:stats':

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from 'package:base':

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call,
    duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,
    lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin,
    pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table,
    tapply, union, unique, unsplit, which.max, which.min

Loading required package: S4Vectors

Attaching package: 'S4Vectors'

The following objects are masked from 'package:base':

    I, expand.grid, unname

Loading required package: IRanges

Attaching package: 'IRanges'

The following object is masked from 'package:grDevices':

    windows

Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.


Attaching package: 'Biobase'

The following object is masked from 'package:MatrixGenerics':

    rowMedians

The following objects are masked from 'package:matrixStats':

    anyMissing, rowMedians

> library("testthat")
> 
> # E. coli 
> x<-getDEE2("ecoli",c("SRR1613487","SRR1613488"),legacy=TRUE)
trying URL 'http://dee2.io/metadata/ecoli_metadata.tsv.cut'
Content length 328 bytes
========================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================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trying URL 'http://dee2.io/cgi-bin/request.sh?org=ecoli&x=SRR1613487&x=SRR1613488'
Content length 359 bytes
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For more information about DEE2 QC metrics, visit
    https://github.com/markziemann/dee2/blob/master/qc/qc_metrics.md
> 
> test_that("eco works", {
+     expect_equal( sum(x$GeneCounts) , 20624168 )
+ })
Test passed 
> 
> 
> # A. thaliana bundle
> x <- getDEE2_bundle("athaliana", "SRP058781",col="SRP_accession")
trying URL 'http://dee2.io/huge/athaliana/'
Content length 312 bytes
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trying URL 'http://dee2.io/huge/athaliana/SRP058781_NA.zip'
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downloaded 4.0 MB

For more information about DEE2 QC metrics, visit
    https://github.com/markziemann/dee2/blob/master/qc/qc_metrics.md
> 
> test_that("ath bundles work", {
+     expect_equal( nrow(assays(x)[[1]]) , 32833 )
+     expect_equal( ncol(assays(x)[[1]]) , 32 )
+ })
Test passed 
> 
> 
> # check absent present
> dat <- query_bundles("drerio",c("SRP131781","SRP055996","SRXXX"),col="SRP_accession")
trying URL 'http://dee2.io/huge/drerio/'
Content length 309 bytes
==================================================
downloaded 161 KB

> 
> test_that("dre bundle query", {
+     expect_equal( length(dat$absent) , 1 )
+     expect_equal( length(dat$present) , 2 )
+ })
Test passed 
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
  10.04    2.43   36.93

Example timings

getDEE2.Rcheck/getDEE2-Ex.timings

nameusersystemelapsed
Tx2Gene0.700.678.10
getDEE2 1.30 0.6515.83
getDEE2Metadata0.110.353.54
getDEE2_bundle 2.37 1.1513.64
list_bundles0.690.023.41
loadFullMeta0.120.366.39
loadGeneCounts0.140.346.52
loadGeneInfo0.160.366.50
loadQcMx0.140.316.36
loadSummaryMeta0.180.186.42
loadTxCounts0.190.289.55
loadTxInfo0.240.286.39
queryDEE20.040.263.55
query_bundles0.160.072.90
se0.160.296.44
srx_agg0.200.326.39