ArrayExpress 1.47.0
Suhaib Mohammed
| Snapshot Date: 2020-01-15 16:46:30 -0500 (Wed, 15 Jan 2020) |
| URL: https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpress |
| Branch: master |
| Last Commit: 6e4ef41 |
| Last Changed Date: 2019-10-29 13:34:51 -0500 (Tue, 29 Oct 2019) |
| malbec2 | Linux (Ubuntu 18.04.3 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | |  |
| tokay2 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | ERROR | OK | |
| celaya2 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | [ ERROR ] | skipped | skipped | |
##############################################################################
##############################################################################
###
### Running command:
###
### /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data ArrayExpress
###
##############################################################################
##############################################################################
* checking for file ‘ArrayExpress/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘ArrayExpress’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘ArrayExpress.Rnw’ using Sweave
Loading required package: Biobase
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel
Attaching package: ‘BiocGenerics’
The following objects are masked from ‘package:parallel’:
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
The following objects are masked from ‘package:stats’:
IQR, mad, sd, var, xtabs
The following objects are masked from ‘package:base’:
Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call,
duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,
lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin,
pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table,
tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min
Welcome to Bioconductor
Vignettes contain introductory material; view with
'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
No methods found in package ‘RSQLite’ for request: ‘dbListFields’ when loading ‘oligo’
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:06 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:07 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:08 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:09 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:10 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:13 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:16 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:17 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:18 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:19 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:20 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:21 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:22 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:23 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:24 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:25 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:26 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:28 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:29 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:30 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:31 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:32 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:33 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:34 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:35 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:36 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:37 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:38 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:39 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:40 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:41 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:43 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:44 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:45 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:46 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:47 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:48 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:49 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:50 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:51 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:52 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:53 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:54 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:56 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:57 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:58 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:01:59 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:00 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:01 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:02 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:03 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:04 --:--:-- 0
0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:02:05 --:--:-- 0
100 10633 100 10633 0 0 85 0 0:02:05 0:02:05 --:--:-- 2850
Error: processing vignette 'ArrayExpress.Rnw' failed with diagnostics:
chunk 1 (label = queryAE)
Error : 1: StartTag: invalid element name
2: Extra content at the end of the document
--- failed re-building ‘ArrayExpress.Rnw’
SUMMARY: processing the following file failed:
‘ArrayExpress.Rnw’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted