eiR 0.99.4
Kevin Horan
| Snapshot Date: 2013-03-23 17:02:20 -0700 (Sat, 23 Mar 2013) | | URL: https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/eiR | | Last Changed Rev: 74723 / Revision: 74756 | | Last Changed Date: 2013-03-22 17:19:58 -0700 (Fri, 22 Mar 2013) |
| george2 | Linux (Ubuntu 12.04.1 LTS) / x86_64 | ERROR | skipped | |
| moscato2 | Windows Server 2008 R2 Enterprise SP1 (64-bit) / x64 | N O T S U P P O R T E D |
| petty | Mac OS X Leopard (10.5.8) / i386 | OK | WARNINGS | OK |
| pelham | Mac OS X Snow Leopard (10.6.8) / x86_64 | OK | OK | [ OK ] |
* installing *source* package 'eiR' ...
untarring boost include tree...
** libs
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c apost.cpp -o apost.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c char_bit_cnt.cpp -o char_bit_cnt.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c embedCoords.cc -o embedCoords.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c eucsearch.cc -o eucsearch.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c format.cc -o format.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c mplsh-model.cpp -o mplsh-model.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c mplsh.cpp -o mplsh.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c profiling.cc -o profiling.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c r_wrap.cpp -o r_wrap.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c recordfile.cc -o recordfile.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c routines.c -o routines.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c scan.cc -o scan.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c search_r.cpp -o search_r.o
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -DNO_MAIN -Iinclude -I. -Itrimmed_boost_1_49_0 -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c solver.cc -o solver.o
cp signal1.h0 signal1.h
cp sysdep1.h0 sysdep1.h
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c f77vers.c
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c i77vers.c
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC main.c
ld -r -x -o main.xxx main.o
mv main.xxx main.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC s_rnge.c
ld -r -x -o s_rnge.xxx s_rnge.o
mv s_rnge.xxx s_rnge.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC abort_.c
ld -r -x -o abort_.xxx abort_.o
mv abort_.xxx abort_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC exit_.c
ld -r -x -o exit_.xxx exit_.o
mv exit_.xxx exit_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC getarg_.c
ld -r -x -o getarg_.xxx getarg_.o
mv getarg_.xxx getarg_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC iargc_.c
ld -r -x -o iargc_.xxx iargc_.o
mv iargc_.xxx iargc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC getenv_.c
ld -r -x -o getenv_.xxx getenv_.o
mv getenv_.xxx getenv_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC signal_.c
ld -r -x -o signal_.xxx signal_.o
mv signal_.xxx signal_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC s_stop.c
ld -r -x -o s_stop.xxx s_stop.o
mv s_stop.xxx s_stop.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC s_paus.c
ld -r -x -o s_paus.xxx s_paus.o
mv s_paus.xxx s_paus.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC system_.c
ld -r -x -o system_.xxx system_.o
mv system_.xxx system_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC cabs.c
ld -r -x -o cabs.xxx cabs.o
mv cabs.xxx cabs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC ctype.c
ld -r -x -o ctype.xxx ctype.o
mv ctype.xxx ctype.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC derf_.c
ld -r -x -o derf_.xxx derf_.o
mv derf_.xxx derf_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC derfc_.c
ld -r -x -o derfc_.xxx derfc_.o
mv derfc_.xxx derfc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC erf_.c
ld -r -x -o erf_.xxx erf_.o
mv erf_.xxx erf_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC erfc_.c
ld -r -x -o erfc_.xxx erfc_.o
mv erfc_.xxx erfc_.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC sig_die.c
ld -r -x -o sig_die.xxx sig_die.o
mv sig_die.xxx sig_die.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -mtune=core2 -g -O2 -fPIC -DNO_FPINIT arithchk.c -lm ||\
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -DNO_LONG_LONG -mtune=core2 -g -O2 -fPIC -DNO_FPINIT arithchk.c -lm
arithchk.c: In function 'ccheck':
arithchk.c:125: warning: format not a string literal and no format arguments
./a.out >arith.h
rm -f a.out arithchk.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC uninit.c
ld -r -x -o uninit.xxx uninit.o
mv uninit.xxx uninit.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_ci.c
ld -r -x -o pow_ci.xxx pow_ci.o
mv pow_ci.xxx pow_ci.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_dd.c
ld -r -x -o pow_dd.xxx pow_dd.o
mv pow_dd.xxx pow_dd.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_di.c
ld -r -x -o pow_di.xxx pow_di.o
mv pow_di.xxx pow_di.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_hh.c
ld -r -x -o pow_hh.xxx pow_hh.o
mv pow_hh.xxx pow_hh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_ii.c
ld -r -x -o pow_ii.xxx pow_ii.o
mv pow_ii.xxx pow_ii.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_ri.c
ld -r -x -o pow_ri.xxx pow_ri.o
mv pow_ri.xxx pow_ri.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_zi.c
ld -r -x -o pow_zi.xxx pow_zi.o
mv pow_zi.xxx pow_zi.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC pow_zz.c
ld -r -x -o pow_zz.xxx pow_zz.o
mv pow_zz.xxx pow_zz.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_abs.c
ld -r -x -o c_abs.xxx c_abs.o
mv c_abs.xxx c_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_cos.c
ld -r -x -o c_cos.xxx c_cos.o
mv c_cos.xxx c_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_div.c
ld -r -x -o c_div.xxx c_div.o
mv c_div.xxx c_div.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_exp.c
ld -r -x -o c_exp.xxx c_exp.o
mv c_exp.xxx c_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_log.c
ld -r -x -o c_log.xxx c_log.o
mv c_log.xxx c_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_sin.c
ld -r -x -o c_sin.xxx c_sin.o
mv c_sin.xxx c_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC c_sqrt.c
ld -r -x -o c_sqrt.xxx c_sqrt.o
mv c_sqrt.xxx c_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_abs.c
ld -r -x -o z_abs.xxx z_abs.o
mv z_abs.xxx z_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_cos.c
ld -r -x -o z_cos.xxx z_cos.o
mv z_cos.xxx z_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_div.c
ld -r -x -o z_div.xxx z_div.o
mv z_div.xxx z_div.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_exp.c
ld -r -x -o z_exp.xxx z_exp.o
mv z_exp.xxx z_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_log.c
ld -r -x -o z_log.xxx z_log.o
mv z_log.xxx z_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_sin.c
ld -r -x -o z_sin.xxx z_sin.o
mv z_sin.xxx z_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC z_sqrt.c
ld -r -x -o z_sqrt.xxx z_sqrt.o
mv z_sqrt.xxx z_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_abs.c
ld -r -x -o r_abs.xxx r_abs.o
mv r_abs.xxx r_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_acos.c
ld -r -x -o r_acos.xxx r_acos.o
mv r_acos.xxx r_acos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_asin.c
ld -r -x -o r_asin.xxx r_asin.o
mv r_asin.xxx r_asin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_atan.c
ld -r -x -o r_atan.xxx r_atan.o
mv r_atan.xxx r_atan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_atn2.c
ld -r -x -o r_atn2.xxx r_atn2.o
mv r_atn2.xxx r_atn2.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_cnjg.c
ld -r -x -o r_cnjg.xxx r_cnjg.o
mv r_cnjg.xxx r_cnjg.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_cos.c
ld -r -x -o r_cos.xxx r_cos.o
mv r_cos.xxx r_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_cosh.c
ld -r -x -o r_cosh.xxx r_cosh.o
mv r_cosh.xxx r_cosh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_dim.c
ld -r -x -o r_dim.xxx r_dim.o
mv r_dim.xxx r_dim.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_exp.c
ld -r -x -o r_exp.xxx r_exp.o
mv r_exp.xxx r_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_imag.c
ld -r -x -o r_imag.xxx r_imag.o
mv r_imag.xxx r_imag.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_int.c
ld -r -x -o r_int.xxx r_int.o
mv r_int.xxx r_int.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_lg10.c
ld -r -x -o r_lg10.xxx r_lg10.o
mv r_lg10.xxx r_lg10.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_log.c
ld -r -x -o r_log.xxx r_log.o
mv r_log.xxx r_log.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_mod.c
ld -r -x -o r_mod.xxx r_mod.o
mv r_mod.xxx r_mod.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_nint.c
ld -r -x -o r_nint.xxx r_nint.o
mv r_nint.xxx r_nint.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_sign.c
ld -r -x -o r_sign.xxx r_sign.o
mv r_sign.xxx r_sign.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_sin.c
ld -r -x -o r_sin.xxx r_sin.o
mv r_sin.xxx r_sin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_sinh.c
ld -r -x -o r_sinh.xxx r_sinh.o
mv r_sinh.xxx r_sinh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_sqrt.c
ld -r -x -o r_sqrt.xxx r_sqrt.o
mv r_sqrt.xxx r_sqrt.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_tan.c
ld -r -x -o r_tan.xxx r_tan.o
mv r_tan.xxx r_tan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC r_tanh.c
ld -r -x -o r_tanh.xxx r_tanh.o
mv r_tanh.xxx r_tanh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_abs.c
ld -r -x -o d_abs.xxx d_abs.o
mv d_abs.xxx d_abs.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_acos.c
ld -r -x -o d_acos.xxx d_acos.o
mv d_acos.xxx d_acos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_asin.c
ld -r -x -o d_asin.xxx d_asin.o
mv d_asin.xxx d_asin.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_atan.c
ld -r -x -o d_atan.xxx d_atan.o
mv d_atan.xxx d_atan.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_atn2.c
ld -r -x -o d_atn2.xxx d_atn2.o
mv d_atn2.xxx d_atn2.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_cnjg.c
ld -r -x -o d_cnjg.xxx d_cnjg.o
mv d_cnjg.xxx d_cnjg.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_cos.c
ld -r -x -o d_cos.xxx d_cos.o
mv d_cos.xxx d_cos.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_cosh.c
ld -r -x -o d_cosh.xxx d_cosh.o
mv d_cosh.xxx d_cosh.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_dim.c
ld -r -x -o d_dim.xxx d_dim.o
mv d_dim.xxx d_dim.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_exp.c
ld -r -x -o d_exp.xxx d_exp.o
mv d_exp.xxx d_exp.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC d_imag.c
ld -r -x -o d_imag.xxx d_imag.o
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC open.c
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC sfe.c
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC sue.c
ld -r -x -o sue.xxx sue.o
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llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -c -DSkip_f2c_Undefs -mtune=core2 -g -O2 -fPIC typesize.c
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ld -r -x -o xwsne.xxx xwsne.o
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ld -r -x -o dtime_.xxx dtime_.o
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ar r libf2c.a f77vers.o i77vers.o main.o s_rnge.o abort_.o exit_.o getarg_.o iargc_.o getenv_.o signal_.o s_stop.o s_paus.o system_.o cabs.o ctype.o derf_.o derfc_.o erf_.o erfc_.o sig_die.o uninit.o pow_ci.o pow_dd.o pow_di.o pow_hh.o pow_ii.o pow_ri.o pow_zi.o pow_zz.o c_abs.o c_cos.o c_div.o c_exp.o c_log.o c_sin.o c_sqrt.o z_abs.o z_cos.o z_div.o z_exp.o z_log.o z_sin.o z_sqrt.o r_abs.o r_acos.o r_asin.o r_atan.o r_atn2.o r_cnjg.o r_cos.o r_cosh.o r_dim.o r_exp.o r_imag.o r_int.o r_lg10.o r_log.o r_mod.o r_nint.o r_sign.o r_sin.o r_sinh.o r_sqrt.o r_tan.o r_tanh.o d_abs.o d_acos.o d_asin.o d_atan.o d_atn2.o d_cnjg.o d_cos.o d_cosh.o d_dim.o d_exp.o d_imag.o d_int.o d_lg10.o d_log.o d_mod.o d_nint.o d_prod.o d_sign.o d_sin.o d_sinh.o d_sqrt.o d_tan.o d_tanh.o i_abs.o i_dim.o i_dnnt.o i_indx.o i_len.o i_mod.o i_nint.o i_sign.o lbitbits.o lbitshft.o h_abs.o h_dim.o h_dnnt.o h_indx.o h_len.o h_mod.o h_nint.o h_sign.o l_ge.o l_gt.o l_le.o l_lt.o hl_ge.o hl_gt.o hl_le.o hl_lt.o ef1asc_.o ef1cmc_.o f77_aloc.o s_cat.o s_cmp.o s_copy.o backspac.o close.o dfe.o dolio.o due.o endfile.o err.o fmt.o fmtlib.o ftell_.o iio.o ilnw.o inquire.o lread.o lwrite.o open.o rdfmt.o rewind.o rsfe.o rsli.o rsne.o sfe.o sue.o typesize.o uio.o util.o wref.o wrtfmt.o wsfe.o wsle.o wsne.o xwsne.o dtime_.o etime_.o
ar: creating archive libf2c.a
ranlib libf2c.a
llvm-g++-4.2 -arch x86_64 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -o eiR.so apost.o char_bit_cnt.o embedCoords.o eucsearch.o format.o mplsh-model.o mplsh.o profiling.o r_wrap.o recordfile.o routines.o scan.o search_r.o solver.o -lm -Lf2c -lf2c -L. -lgsl -lgslcblas -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Users/biocbuild/bbs-2.12-bioc/meat/eiR.buildbin-libdir/eiR/libs
** R
** data
** inst
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** help
*** installing help indices
** building package indices
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'eiR.Rnw'
** testing if installed package can be loaded
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Use 'find.package' instead.
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packaged installation of 'eiR' as 'eiR_0.99.4.tgz'
* DONE (eiR)