### R code from vignette source 'pepXMLTab.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: options
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options(width=70)


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### code chunk number 2: loadpkg
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library(pepXMLTab)


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### code chunk number 3: pepTab
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#MyriMatch example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML", 
    package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]

#Mascot example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Mascot.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]

#SEQUEST example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "SEQUEST.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]

#XTandem example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "XTandem.pepXML", package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
tttt[1:2,]



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### code chunk number 4: filter
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## MyriMatch example
pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML", 
        package="pepXMLTab")
tttt <- pepXML2tab(pepxml)
passed <- PSMfilter(tttt, pepFDR=0.01, scorecolumn='mvh', hitrank=1, 
        minpeplen=6, decoyprefix='rev_')
passed[1, ]


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### code chunk number 5: SessionInfo
###################################################
sessionInfo()