### R code from vignette source 'Pviz.Rnw'

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### code chunk number 1: Pviz.Rnw:11-13
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library(knitr)
opts_chunk$set(tidy=FALSE)


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### code chunk number 2: loading-package
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library(Pviz)


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### code chunk number 3: ATrack-example
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at<-ATrack(start = c(250, 480), end = c(320, 520), id = c("Anno1", "Anno2"),
           showFeatureId = TRUE, fontcolor = "black", name = "Annotations")
plotTracks(at, from = 1, to = 600)


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### code chunk number 4: DTrack-example
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library(pepDat)
data(restab_aggregate)
dt <- DTrack(data = restab_aggregate$group2, start = restab_aggregate$start,
             width=15, name="Freq", type = "l")
plotTracks(dt, from = 1, to = 850, type = "l")


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### code chunk number 5: ProteinAxisTrack-basic
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pat<-ProteinAxisTrack()
plotTracks(pat, from = 1, to = 850)


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### code chunk number 6: ProteinAxisTrack-options
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pat<-ProteinAxisTrack(addNC = TRUE, littleTicks = TRUE)
plotTracks(pat, from = 1, to = 850)


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### code chunk number 7: ProteinSequenceTrack-basic
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data(pep_hxb2)
hxb2_seq <- metadata(pep_hxb2)$sequence
st <- ProteinSequenceTrack(sequence = hxb2_seq, name = "env")
plotTracks(trackList = c(pat, st), from = 1, to = 40)


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### code chunk number 8: ProteinSequenceTrack-unreadable
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st <- ProteinSequenceTrack(sequence = hxb2_seq, name = "env", cex = 0.5)
plotTracks(trackList = c(pat, st), from = 1, to = 850)


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### code chunk number 9: ProbeTrack-basic
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data(restab)
pt<-ProbeTrack(sequence = restab$peptide, intensity = restab$group2,
               probeStart = restab$start)
plotTracks(pt, from = 460, to = 560)


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### code chunk number 10: ProbeTrack-wide-ranges
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plotTracks(pt, legend = TRUE)


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### code chunk number 11: CladeTrack
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ctA <- CladeTrack(restab, clade = "A", type = "l")
ctM <- CladeTrack(restab, clade = "M", type = "l", legend = TRUE)
plotTracks(c(ctA, ctM), main = "Clades comparison", cex.main = 1.5)


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### code chunk number 12: complex-plot
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pt <- ProbeTrack(sequence = restab$peptide, intensity = restab$group2,
               probeStart = restab$start, cex=0, legend=TRUE)
plotTracks(trackList=c(pat, st, at, pt, ctM), from=460, to=560,
           type="l")


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### code chunk number 13: plot-inter
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plot_inter(restab_aggregate)


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### code chunk number 14: plot-clade
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plot_clade(restab, clade = c("A", "B", "C"), sequence = hxb2_seq,
           from = 100, to = 600)


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### code chunk number 15: sessionInfo
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sessionInfo()