### R code from vignette source 'MassArray.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MassArray.Rnw:46-47 ################################################### library(MassArray) ################################################### ### code chunk number 2: MassArray.Rnw:49-51 ################################################### data.path <- system.file("extdata", package="MassArray") initial.path <- getwd() ################################################### ### code chunk number 3: fig1 ################################################### results <- ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA") results ################################################### ### code chunk number 4: fig2 ################################################### ampliconPrediction("AAAA>TTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)AC<AAAA") ################################################### ### code chunk number 5: fig3 ################################################### ampliconPrediction("AAAATTTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTC(CG)ACTTCCCCTCTGCGTGAGAGAGTTGTCCGACAAAA") ################################################### ### code chunk number 6: fig4 ################################################### ampliconPrediction("CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCCTACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGATCCCAGCAACTTCG") ################################################### ### code chunk number 7: MassArray.Rnw:186-187 ################################################### setwd(data.path) ################################################### ### code chunk number 8: MassArray.Rnw:189-199 ################################################### sequence <- "CCAGGTCCAAAGGTTCAGACCAGTCTGAA>CCTGTCCAGGGGCACTCCATATTTTCC" sequence <- paste(sequence, "TACCTGTCCCTCTTTGCTTGTAAAAACAAATTAAACAGGGA", sep="") sequence <- paste(sequence, "TCCCAGCAACTTCGGGGCATGTGTGTAACTGTGCAAGGAGC", sep="") sequence <- paste(sequence, "GCGAAGCCCAGAGCATCGCCCTAGAGTTCGGGCCGCAGCTG", sep="") sequence <- paste(sequence, "CAGAGGCACATCTGGAAAAGGGGGAGGGGTCGAAGCGGAGG", sep="") sequence <- paste(sequence, "GGACAAGAAGCCCCCAAACGACTAGCTTCTGGGTGCAGAGT", sep="") sequence <- paste(sequence, "CTGTGTCAC(CG)GGGGTTAGTTACCTGTCCTACGTTGATG", sep="") sequence <- paste(sequence, "AATCCGTACTTGCTGGCTATGCGGTCTGCCTCCGCGAATCC", sep="") sequence <- paste(sequence, "GC(CG)GC<GATCTTCACTGCCCAGTGGTTGGTGTA", sep="") data <- new("MassArrayData", sequence, file="Example.txt") ################################################### ### code chunk number 9: MassArray.Rnw:201-202 ################################################### setwd(initial.path) ################################################### ### code chunk number 10: fig5 ################################################### plot(data, collapse=FALSE, bars=FALSE, scale=FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: fig6 ################################################### plot(data, collapse=TRUE, bars=TRUE, scale=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: fig7 ################################################### plot(data, collapse=TRUE, bars=FALSE, scale=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: fig8 ################################################### SNP.results <- evaluateSNPs(data) ################################################### ### code chunk number 14: MassArray.Rnw:292-294 ################################################### length(SNP.results) SNP.results[[2]]