### R code from vignette source 'pcaGoPromoter.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: setup
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options(width=80,digits=6)


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### code chunk number 2: bioC (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("pcaGoPromoter",dependencies=TRUE)


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### code chunk number 3: libPcaGoPromoter
###################################################
library("pcaGoPromoter")


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### code chunk number 4: libSerumStimulation
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library("serumStimulation")
data(serumStimulation)


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### code chunk number 5: groups
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groups <- as.factor( c( rep("control",5) , rep("serumInhib",5) ,
                        rep("serumOnly",3) ) )
groups


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### code chunk number 6: fig1
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pcaInfoPlot(serumStimulation,groups=groups)


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### code chunk number 7: pca
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pcaOutput <- pca(serumStimulation)


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### code chunk number 8: fig2
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plot(pcaOutput, groups=groups)


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### code chunk number 9: probeIds
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loadsNegPC2 <- getRankedProbeIds( pcaOutput, pc=2, decreasing=FALSE )[1:1365]


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### code chunk number 10: GOtree
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GOtreeOutput <- GOtree( input = loadsNegPC2)


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### code chunk number 11: fig3
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plot(GOtreeOutput,legendPosition = "bottomright")


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### code chunk number 12: copyToPdf (eval = FALSE)
###################################################
## dev.copy2pdf(file="GOtree.pdf")


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### code chunk number 13: printGOtree
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head(GOtreeOutput$sigGOs,n=10)


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### code chunk number 14: printPrimo
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TFtable <- primo( loadsNegPC2 )
head(TFtable$overRepresented)


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### code chunk number 15: printPrimeHits
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probeIds <- primoHits( loadsNegPC2 , id = 9343 )	
head(probeIds)