### R code from vignette source 'VegaMC.Rnw'

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### code chunk number 1: library_VegaMC
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library(VegaMC)


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### code chunk number 2: copy_dataset
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file.copy(system.file("example/breast_Affy500K.txt",
    package="VegaMC"),".")


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### code chunk number 3: runVegaMC_breast
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results <-
vegaMC("breast_Affy500K.txt",
	output_file_name="breast.analysis",
	beta=1,	min_region_bp_size=2000, bs=5000,
	html=FALSE, getGenes=FALSE)


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### code chunk number 4: colnames_results
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colnames(results)


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### code chunk number 5: Create_BAFSet
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data(genoset)
baf.ds = GenoSet(locData=locData.gr, lrr=fake.lrr, baf=fake.baf,
                  pData=fake.pData, annotation="SNP6")


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### code chunk number 6: runVegaMC_BAFSet
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genoset.results <- vegaMC(baf.ds,
                output_file_name="genoset.analysis.default",
                html=FALSE, getGenes=FALSE, baf=TRUE)


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### code chunk number 7: Create_CNSet
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cn.ds = GenoSet(locData=locData.gr, lrr=fake.lrr, pData=fake.pData,
                annotation="SNP6")


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### code chunk number 8: runVegaMC_CNSet
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genoset.results <- vegaMC(cn.ds,
                output_file_name="genoset.analysis.default",
                html=FALSE, getGenes=FALSE, baf=FALSE)