### R code from vignette source 'Mfuzz.Rnw'

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### code chunk number 1: Mfuzz.Rnw:41-42
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  library(Mfuzz) 


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### code chunk number 2: Mfuzz.Rnw:53-54
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  data(yeast) 


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### code chunk number 3: Mfuzz.Rnw:62-63
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yeast.r <- filter.NA(yeast, thres=0.25)


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### code chunk number 4: Mfuzz.Rnw:72-73
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yeast.f <- fill.NA(yeast.r,mode="mean")


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### code chunk number 5: Mfuzz.Rnw:91-92 (eval = FALSE)
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##   tmp <- filter.std(yeast.f,min.std=0)  


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### code chunk number 6: Mfuzz.Rnw:115-116
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yeast.s <- standardise(yeast.f)


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### code chunk number 7: Mfuzz.Rnw:151-153 (eval = FALSE)
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##  cl <- mfuzz(yeast.s,c=16,m=1.25)
##  mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl,mfrow=c(4,4),time.labels=seq(0,160,10))


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### code chunk number 8: Mfuzz.Rnw:183-185 (eval = FALSE)
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## m1 <- mestimate(yeast.s)
## m1 # 1.15


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### code chunk number 9: Mfuzz.Rnw:228-230 (eval = FALSE)
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##    cl2 <- mfuzz(yeast.s,c=16,m=1.35)
##    mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl2,mfrow=c(4,4),time.labels=seq(0,160,10))


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### code chunk number 10: Mfuzz.Rnw:259-261 (eval = FALSE)
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## O <- overlap(cl)
## Ptmp <- overlap.plot(cl,over=O,thres=0.05)


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### code chunk number 11: Mfuzz.Rnw:267-271 (eval = FALSE)
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## cl3 <- mfuzz(yeast.s,c=10,m=1.25)
## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl3,mfrow=c(3,4))
## O3 <- overlap(cl3)
## overlap.plot(cl3,over=O3,P=Ptmp,thres=0.05)


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### code chunk number 12: Mfuzz.Rnw:284-288 (eval = FALSE)
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## cl4 <- mfuzz(yeast.s,c=25,m=1.25)
## mfuzz.plot(yeast.s,cl=cl4,mfrow=c(5,5))
## O4 <- overlap(cl4)
## overlap.plot(cl4,over=O4,P=Ptmp,thres=0.05)