### R code from vignette source 'Cardinal-walkthrough.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Cardinal-walkthrough.Rnw:10-11 ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Cardinal-walkthrough.Rnw:27-31 ################################################### library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) options(width=100) ################################################### ### code chunk number 3: Cardinal-walkthrough.Rnw:72-75 (eval = FALSE) ################################################### ## name <- "This is the common name of your .hdr, .img, and .t2m files" ## folder <- "/This/is/the/path/to/the/folder/containing/the/files" ## data <- readAnalyze(name, folder) ################################################### ### code chunk number 4: Cardinal-walkthrough.Rnw:87-90 (eval = FALSE) ################################################### ## name <- "This is the common name of your .imzML and .ibd files" ## folder <- "/This/is/the/path/to/the/folder/containing/the/files" ## data <- readImzML(name, folder) ################################################### ### code chunk number 5: Cardinal-walkthrough.Rnw:99-101 (eval = FALSE) ################################################### ## file <- "/This/is/the/path/to/an/imaging/data/file.extension" ## data <- readMSIData(file) ################################################### ### code chunk number 6: Cardinal-walkthrough.Rnw:109-111 (eval = FALSE) ################################################### ## save(data, file="/Where/to/save/the/data.RData") ## load("/Where/to/save/the/data.RData") ################################################### ### code chunk number 7: Cardinal-walkthrough.Rnw:136-149 ################################################### pattern <- factor(c(0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0), levels=c(0,1,2), labels=c("blue", "black", "red")) set.seed(1) msset <- generateImage(pattern, coord=expand.grid(x=1:9, y=1:9), range=c(1000, 5000), centers=c(2000, 3000, 4000), resolution=100, step=3.3, as="MSImageSet") summary(msset) ################################################### ### code chunk number 8: Cardinal-walkthrough.Rnw:164-167 ################################################### head(mz(msset), n=10) # first 10 m/z values head(coord(msset), n=10) # first 10 pixel coordinates head(spectra(msset)[,1], n=10) # first 10 intensities in the first mass spectrum ################################################### ### code chunk number 9: Cardinal-walkthrough.Rnw:172-176 ################################################### nrow(msset) ncol(msset) dim(msset) dims(msset) ################################################### ### code chunk number 10: Cardinal-walkthrough.Rnw:181-186 ################################################### features(msset, mz=3000) # returns the feature number most closely matching m/z 3000 mz(msset)[607] pixels(msset, coord=list(x=5, y=5)) # returns the pixel number for x = 5, y = 5 pixels(msset, x=5, y=5) # also returns the pixel number for x = 5, y = 5 coord(msset)[41,] ################################################### ### code chunk number 11: Cardinal-walkthrough.Rnw:200-203 ################################################### tmp <- msset[2500 < mz(msset) & mz(msset) < 4500,] range(mz(msset)) range(mz(tmp)) ################################################### ### code chunk number 12: Cardinal-walkthrough.Rnw:208-211 ################################################### tmp <- msset[,coord(msset)$x > 5] range(coord(msset)$x) range(coord(tmp)$x) ################################################### ### code chunk number 13: Cardinal-walkthrough.Rnw:216-219 ################################################### tmp <- msset[2500 < mz(msset) & mz(msset) < 4500, coord(msset)$x > 5] range(mz(tmp)) range(coord(tmp)$x) ################################################### ### code chunk number 14: plot1 ################################################### plot(msset, pixel=1) ################################################### ### code chunk number 15: plot2 ################################################### plot(msset, coord=list(x=5, y=5), plusminus=2) ################################################### ### code chunk number 16: plot3 ################################################### mycol <- c("blue", "black", "red") plot(msset, pixel=1:ncol(msset), pixel.groups=pattern, superpose=TRUE, key=TRUE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 17: Cardinal-walkthrough.Rnw:254-255 ################################################### plot(msset, pixel=1) ################################################### ### code chunk number 18: Cardinal-walkthrough.Rnw:262-263 ################################################### plot(msset, coord=list(x=5, y=5), plusminus=2) ################################################### ### code chunk number 19: Cardinal-walkthrough.Rnw:270-271 ################################################### mycol <- c("blue", "black", "red") plot(msset, pixel=1:ncol(msset), pixel.groups=pattern, superpose=TRUE, key=TRUE, col=mycol) ################################################### ### code chunk number 20: image1 ################################################### image(msset, feature=1) ################################################### ### code chunk number 21: image2 ################################################### image(msset, mz=4000, plusminus=10) ################################################### ### code chunk number 22: image3 ################################################### mycol <- c("blue", "black", "red") image(msset, mz=c(2000, 3000, 4000), col=mycol, superpose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 23: image4 ################################################### mycol <- gradient.colors(100, start="white", end="blue") image(msset, mz=2000, col.regions=mycol, contrast.enhance="suppress") ################################################### ### code chunk number 24: image5 ################################################### mycol <- gradient.colors(100, start="white", end="black") image(msset, mz=3000, col.regions=mycol, smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 25: image6 ################################################### msset2 <- msset[,pattern == "black" | pattern == "red"] mycol <- gradient.colors(100, start="black", end="red") image(msset2, mz=4000, col.regions=mycol) ################################################### ### code chunk number 26: Cardinal-walkthrough.Rnw:327-328 ################################################### image(msset, feature=1) ################################################### ### code chunk number 27: Cardinal-walkthrough.Rnw:335-336 ################################################### image(msset, mz=4000, plusminus=10) ################################################### ### code chunk number 28: Cardinal-walkthrough.Rnw:343-344 ################################################### mycol <- c("blue", "black", "red") image(msset, mz=c(2000, 3000, 4000), col=mycol, superpose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 29: Cardinal-walkthrough.Rnw:351-352 ################################################### mycol <- gradient.colors(100, start="white", end="blue") image(msset, mz=2000, col.regions=mycol, contrast.enhance="suppress") ################################################### ### code chunk number 30: Cardinal-walkthrough.Rnw:359-360 ################################################### mycol <- gradient.colors(100, start="white", end="black") image(msset, mz=3000, col.regions=mycol, smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 31: Cardinal-walkthrough.Rnw:367-368 ################################################### msset2 <- msset[,pattern == "black" | pattern == "red"] mycol <- gradient.colors(100, start="black", end="red") image(msset2, mz=4000, col.regions=mycol) ################################################### ### code chunk number 32: normalizetic ################################################### normalize(msset, pixel=1, method="tic", plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 33: normalize ################################################### msset2 <- normalize(msset, method="tic") ################################################### ### code chunk number 34: Cardinal-walkthrough.Rnw:398-399 ################################################### normalize(msset, pixel=1, method="tic", plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 35: smoothgaus ################################################### smoothSignal(msset2, pixel=1, method="gaussian", window=9, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 36: smoothsgolay ################################################### smoothSignal(msset2, pixel=1, method="sgolay", window=15, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 37: smooth ################################################### msset3 <- smoothSignal(msset2, method="gaussian", window=9) ################################################### ### code chunk number 38: Cardinal-walkthrough.Rnw:425-426 ################################################### smoothSignal(msset2, pixel=1, method="gaussian", window=9, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 39: Cardinal-walkthrough.Rnw:433-434 ################################################### smoothSignal(msset2, pixel=1, method="sgolay", window=15, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 40: baselinemedian ################################################### reduceBaseline(msset3, pixel=1, method="median", blocks=50, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 41: baseline ################################################### msset4 <- reduceBaseline(msset3, method="median", blocks=50) ################################################### ### code chunk number 42: Cardinal-walkthrough.Rnw:458-459 ################################################### reduceBaseline(msset3, pixel=1, method="median", blocks=50, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 43: peakpickadaptive ################################################### peakPick(msset4, pixel=1, method="adaptive", SNR=3, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 44: peakpicklimpic ################################################### peakPick(msset4, pixel=1, method="limpic", SNR=3, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 45: peakpick ################################################### msset5 <- peakPick(msset4, method="simple", SNR=3) ################################################### ### code chunk number 46: Cardinal-walkthrough.Rnw:485-486 ################################################### peakPick(msset4, pixel=1, method="adaptive", SNR=3, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 47: Cardinal-walkthrough.Rnw:493-494 ################################################### peakPick(msset4, pixel=1, method="limpic", SNR=3, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 48: peakaligndiff ################################################### peakAlign(msset5, pixel=1, method="diff", plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 49: peakalign ################################################### msset6 <- peakAlign(msset5, method="diff") ################################################### ### code chunk number 50: Cardinal-walkthrough.Rnw:515-516 ################################################### peakAlign(msset5, pixel=1, method="diff", plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 51: peakfilter ################################################### msset7 <- peakFilter(msset6, method="freq") dim(msset6) # 89 peaks retained dim(msset7) # 10 peaks retained ################################################### ### code chunk number 52: reducedimbin ################################################### reduceDimension(msset4, pixel=1, method="bin", width=25, fun=mean, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 53: reducedimresample ################################################### reduceDimension(msset4, pixel=1, method="resample", step=25, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 54: reducedim ################################################### msset8 <- reduceDimension(msset4, method="resample", step=25) ################################################### ### code chunk number 55: Cardinal-walkthrough.Rnw:562-563 ################################################### reduceDimension(msset4, pixel=1, method="bin", width=25, fun=mean, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 56: Cardinal-walkthrough.Rnw:570-571 ################################################### reduceDimension(msset4, pixel=1, method="resample", step=25, plot=TRUE) ################################################### ### code chunk number 57: pca ################################################### pca <- PCA(msset4, ncomp=2) ################################################### ### code chunk number 58: pcaplot ################################################### plot(pca) ################################################### ### code chunk number 59: pcaimage ################################################### image(pca) ################################################### ### code chunk number 60: Cardinal-walkthrough.Rnw:620-621 ################################################### plot(pca) ################################################### ### code chunk number 61: Cardinal-walkthrough.Rnw:628-629 ################################################### image(pca) ################################################### ### code chunk number 62: pls ################################################### pls <- PLS(msset4, y=pattern, ncomp=2) ################################################### ### code chunk number 63: plsplot ################################################### plot(pls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 64: plsimage ################################################### image(pls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 65: Cardinal-walkthrough.Rnw:666-667 ################################################### plot(pls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 66: Cardinal-walkthrough.Rnw:674-675 ################################################### image(pls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 67: opls ################################################### opls <- OPLS(msset4, y=pattern, ncomp=2) ################################################### ### code chunk number 68: oplsplot ################################################### plot(opls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 69: oplsimage ################################################### image(opls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 70: Cardinal-walkthrough.Rnw:708-709 ################################################### plot(opls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 71: Cardinal-walkthrough.Rnw:716-717 ################################################### image(opls, col=c("blue", "black", "red")) ################################################### ### code chunk number 72: skm ################################################### set.seed(1) skm <- spatialKMeans(msset7, r=2, k=3, method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 73: skmplot ################################################### plot(skm, col=c("black", "blue", "red"), type=c('p','h'), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 74: skmimage ################################################### image(skm, col=c("black", "blue", "red"), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 75: Cardinal-walkthrough.Rnw:755-756 ################################################### plot(skm, col=c("black", "blue", "red"), type=c('p','h'), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 76: Cardinal-walkthrough.Rnw:763-764 ################################################### image(skm, col=c("black", "blue", "red"), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 77: ssc ################################################### set.seed(1) ssc <- spatialShrunkenCentroids(msset7, r=1, k=5, s=3, method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 78: sscplot ################################################### plot(ssc, col=c("blue", "red", "black"), type=c('p','h'), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 79: sscimage ################################################### image(ssc, col=c("blue", "red", "black"), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 80: Cardinal-walkthrough.Rnw:803-804 ################################################### plot(ssc, col=c("blue", "red", "black"), type=c('p','h'), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 81: Cardinal-walkthrough.Rnw:811-812 ################################################### image(ssc, col=c("blue", "red", "black"), key=FALSE) ################################################### ### code chunk number 82: Cardinal-walkthrough.Rnw:837-839 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("CardinalWorkflows") ################################################### ### code chunk number 83: Cardinal-walkthrough.Rnw:871-872 (eval = FALSE) ################################################### ## vignette("Workflows-clustering") ################################################### ### code chunk number 84: Cardinal-walkthrough.Rnw:877-878 (eval = FALSE) ################################################### ## data(pig206, pig206_analyses) ################################################### ### code chunk number 85: Cardinal-walkthrough.Rnw:908-909 (eval = FALSE) ################################################### ## vignette("Workflows-classification") ################################################### ### code chunk number 86: Cardinal-walkthrough.Rnw:914-915 (eval = FALSE) ################################################### ## data(rcc, rcc_analyses) ################################################### ### code chunk number 87: pData ################################################### pData(msset)$pg <- pattern ################################################### ### code chunk number 88: fData ################################################### fData(msset)$fg <- factor(rep("bg", nrow(fData(msset))), levels=c("bg","blue", "black", "red")) fData(msset)$fg[1950 < fData(msset)$mz & fData(msset)$mz < 2050] <- "blue" fData(msset)$fg[2950 < fData(msset)$mz & fData(msset)$mz < 3050] <- "black" fData(msset)$fg[3950 < fData(msset)$mz & fData(msset)$mz < 4050] <- "red" ################################################### ### code chunk number 89: pixelApply1 ################################################### p1 <- pixelApply(msset, mean, .feature.groups=fg) p1[,1:30] ################################################### ### code chunk number 90: pixelApply2 ################################################### cbind(pData(msset), t(p1))[1:30,c("pg","blue", "black", "red")] ################################################### ### code chunk number 91: pixelApply3 ################################################### tmp1 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["blue",])), coord=coord(msset), mz=2000) image(tmp1, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "blue"), sub="m/z = 2000") ################################################### ### code chunk number 92: pixelApply4 ################################################### tmp1 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["black",])), coord=coord(msset), mz=3000) image(tmp1, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "black"), sub="m/z = 3000") ################################################### ### code chunk number 93: pixelApply5 ################################################### tmp2 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["red",])), coord=coord(msset), mz=4000) image(tmp2, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "red"), sub="m/z = 4000") ################################################### ### code chunk number 94: Cardinal-walkthrough.Rnw:1015-1016 ################################################### tmp1 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["blue",])), coord=coord(msset), mz=2000) image(tmp1, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "blue"), sub="m/z = 2000") ################################################### ### code chunk number 95: Cardinal-walkthrough.Rnw:1023-1024 ################################################### tmp1 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["black",])), coord=coord(msset), mz=3000) image(tmp1, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "black"), sub="m/z = 3000") ################################################### ### code chunk number 96: Cardinal-walkthrough.Rnw:1031-1032 ################################################### tmp2 <- MSImageSet(spectra=t(as.vector(p1["red",])), coord=coord(msset), mz=4000) image(tmp2, feature=1, col.regions=alpha.colors(100, "red"), sub="m/z = 4000") ################################################### ### code chunk number 97: featureApply1 ################################################### f1 <- featureApply(msset, mean, .pixel.groups=pg) f1[,1:30] ################################################### ### code chunk number 98: featureApply2 ################################################### plot(mz(msset), f1["blue",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="blue") ################################################### ### code chunk number 99: featureApply3 ################################################### plot(mz(msset), f1["black",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="black") ################################################### ### code chunk number 100: featureApply4 ################################################### plot(mz(msset), f1["red",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="red") ################################################### ### code chunk number 101: Cardinal-walkthrough.Rnw:1071-1072 ################################################### plot(mz(msset), f1["blue",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="blue") ################################################### ### code chunk number 102: Cardinal-walkthrough.Rnw:1079-1080 ################################################### plot(mz(msset), f1["black",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="black") ################################################### ### code chunk number 103: Cardinal-walkthrough.Rnw:1087-1088 ################################################### plot(mz(msset), f1["red",], type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity", col="red") ################################################### ### code chunk number 104: Cardinal ################################################### options(width=69) library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) ################################################### ### code chunk number 105: gs1 ################################################### set.seed(1) s1 <- generateSpectrum(1, range=c(1001, 20000), centers=runif(50, 1001, 20000), baseline=2000, resolution=100, step=3.3) plot(x ~ t, data=s1, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 106: gs2 ################################################### set.seed(2) s2 <- generateSpectrum(1, range=c(1001, 20000), centers=runif(20, 1001, 20000), baseline=3000, resolution=50, step=3.3) plot(x ~ t, data=s2, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 107: Cardinal-walkthrough.Rnw:1144-1145 ################################################### set.seed(1) s1 <- generateSpectrum(1, range=c(1001, 20000), centers=runif(50, 1001, 20000), baseline=2000, resolution=100, step=3.3) plot(x ~ t, data=s1, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 108: Cardinal-walkthrough.Rnw:1152-1153 ################################################### set.seed(2) s2 <- generateSpectrum(1, range=c(1001, 20000), centers=runif(20, 1001, 20000), baseline=3000, resolution=50, step=3.3) plot(x ~ t, data=s2, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 109: gs3 ################################################### set.seed(3) s3 <- generateSpectrum(1, range=c(101, 1000), centers=runif(25, 101, 1000), baseline=0, resolution=250, noise=0.1, step=1.2) plot(x ~ t, data=s3, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 110: gs4 ################################################### set.seed(4) s4 <- generateSpectrum(1, range=c(101, 1000), centers=runif(100, 101, 1000), baseline=0, resolution=500, noise=0.2, step=1.2) plot(x ~ t, data=s4, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 111: Cardinal-walkthrough.Rnw:1181-1182 ################################################### set.seed(3) s3 <- generateSpectrum(1, range=c(101, 1000), centers=runif(25, 101, 1000), baseline=0, resolution=250, noise=0.1, step=1.2) plot(x ~ t, data=s3, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 112: Cardinal-walkthrough.Rnw:1189-1190 ################################################### set.seed(4) s4 <- generateSpectrum(1, range=c(101, 1000), centers=runif(100, 101, 1000), baseline=0, resolution=500, noise=0.2, step=1.2) plot(x ~ t, data=s4, type="l", xlab="m/z", ylab="Intensity") ################################################### ### code chunk number 113: data ################################################### data <- matrix(c(NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 0, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 0, 0, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, 0, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 0, 1, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA), nrow=9, ncol=9) ################################################### ### code chunk number 114: truth ################################################### image(data[,ncol(data):1], col=c("black", "red")) ################################################### ### code chunk number 115: Cardinal-walkthrough.Rnw:1221-1222 ################################################### image(data[,ncol(data):1], col=c("black", "red")) ################################################### ### code chunk number 116: img1 ################################################### set.seed(1) img1 <- generateImage(data, range=c(1,1000), centers=c(100,200), step=1, as="MSImageSet") ################################################### ### code chunk number 117: gi1 ################################################### image(img1, mz=100, col.regions=alpha.colors(100, "black")) ################################################### ### code chunk number 118: gi2 ################################################### image(img1, mz=200, col.regions=alpha.colors(100, "red")) ################################################### ### code chunk number 119: Cardinal-walkthrough.Rnw:1248-1249 ################################################### image(img1, mz=100, col.regions=alpha.colors(100, "black")) ################################################### ### code chunk number 120: Cardinal-walkthrough.Rnw:1256-1257 ################################################### image(img1, mz=200, col.regions=alpha.colors(100, "red")) ################################################### ### code chunk number 121: img2 ################################################### pattern <- factor(c(0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0), levels=c(0,1,2), labels=c("blue", "black", "red")) coord <- expand.grid(x=1:9, y=1:9) set.seed(2) msset <- generateImage(pattern, coord=coord, range=c(1000, 5000), centers=c(2000, 3000, 4000), resolution=100, step=3.3, as="MSImageSet") ################################################### ### code chunk number 122: gi3 ################################################### image(msset, mz=2000, col.regions=alpha.colors(100, "blue")) ################################################### ### code chunk number 123: gi4 ################################################### image(msset, mz=3000, col.regions=alpha.colors(100, "black")) ################################################### ### code chunk number 124: gi5 ################################################### image(msset, mz=4000, col.regions=alpha.colors(100, "red")) ################################################### ### code chunk number 125: Cardinal-walkthrough.Rnw:1300-1301 ################################################### image(msset, mz=2000, col.regions=alpha.colors(100, "blue")) ################################################### ### code chunk number 126: Cardinal-walkthrough.Rnw:1308-1309 ################################################### image(msset, mz=3000, col.regions=alpha.colors(100, "black")) ################################################### ### code chunk number 127: Cardinal-walkthrough.Rnw:1316-1317 ################################################### image(msset, mz=4000, col.regions=alpha.colors(100, "red")) ################################################### ### code chunk number 128: adv1 ################################################### x1 <- apply(expand.grid(x=1:10, y=1:10), 1, function(z) 1/(1 + ((4-z[[1]])/2)^2 + ((4-z[[2]])/2)^2)) dim(x1) <- c(10,10) image(x1[,ncol(x1):1]) ################################################### ### code chunk number 129: adv2 ################################################### x2 <- apply(expand.grid(x=1:10, y=1:10), 1, function(z) 1/(1 + ((6-z[[1]])/2)^2 + ((6-z[[2]])/2)^2)) dim(x2) <- c(10,10) image(x2[,ncol(x2):1]) ################################################### ### code chunk number 130: Cardinal-walkthrough.Rnw:1349-1350 ################################################### x1 <- apply(expand.grid(x=1:10, y=1:10), 1, function(z) 1/(1 + ((4-z[[1]])/2)^2 + ((4-z[[2]])/2)^2)) dim(x1) <- c(10,10) image(x1[,ncol(x1):1]) ################################################### ### code chunk number 131: Cardinal-walkthrough.Rnw:1357-1358 ################################################### x2 <- apply(expand.grid(x=1:10, y=1:10), 1, function(z) 1/(1 + ((6-z[[1]])/2)^2 + ((6-z[[2]])/2)^2)) dim(x2) <- c(10,10) image(x2[,ncol(x2):1]) ################################################### ### code chunk number 132: advsim ################################################### set.seed(1) x3 <- mapply(function(z1, z2) generateSpectrum(1, centers=c(500,510), intensities=c(z1, z2), range=c(1,1000), resolution=100, baseline=0, step=1)$x, as.vector(x1), as.vector(x2)) img3 <- MSImageSet(x3, coord=expand.grid(x=1:10, y=1:10), mz=1:1000) ################################################### ### code chunk number 133: advimg1 ################################################### image(img3, mz=500, col=intensity.colors(100)) ################################################### ### code chunk number 134: advimg2 ################################################### image(img3, mz=510, col=intensity.colors(100)) ################################################### ### code chunk number 135: Cardinal-walkthrough.Rnw:1394-1395 ################################################### image(img3, mz=500, col=intensity.colors(100)) ################################################### ### code chunk number 136: Cardinal-walkthrough.Rnw:1402-1403 ################################################### image(img3, mz=510, col=intensity.colors(100)) ################################################### ### code chunk number 137: advplot1 ################################################### plot(img3, coord=list(x=4, y=4), type="l", xlim=c(200, 800)) ################################################### ### code chunk number 138: advplot2 ################################################### plot(img3, coord=list(x=6, y=6), type="l", xlim=c(200, 800)) ################################################### ### code chunk number 139: Cardinal-walkthrough.Rnw:1428-1429 ################################################### plot(img3, coord=list(x=4, y=4), type="l", xlim=c(200, 800)) ################################################### ### code chunk number 140: Cardinal-walkthrough.Rnw:1436-1437 ################################################### plot(img3, coord=list(x=6, y=6), type="l", xlim=c(200, 800)) ################################################### ### code chunk number 141: Cardinal-walkthrough.Rnw:1452-1453 ################################################### toLatex(sessionInfo())