### R code from vignette source 'vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw'

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### code chunk number 1: qrqc.Rnw:45-47
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library(qrqc)
s.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test.fastq', package='qrqc'))


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### code chunk number 2: qrqc.Rnw:49-50
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s.fastq@filename <- 'test.fastq' # otherwise a long temp dir will be here


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### code chunk number 3: qrqc.Rnw:64-65
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s.fastq


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### code chunk number 4: figPlotQuals
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plotQuals(s.fastq)


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### code chunk number 5: figPlotQuals-trimmed
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s.trimmed.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test-trimmed.fastq', package='qrqc'))
plotQuals(s.trimmed.fastq)


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### code chunk number 6: figPlotBase-freqs
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plotBases(s.fastq, type="freq")


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### code chunk number 7: figPlotBase-prop
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plotBases(s.fastq, type="prop")


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### code chunk number 8: figPlotSeqLengths
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plotSeqLengths(s.trimmed.fastq)


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### code chunk number 9: figPlotGC
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plotGC(s.fastq)


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### code chunk number 10: qrqc.Rnw:249-250
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sessionInfo()