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### chunk number 1: 
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#line 52 "vignettes/ALL/inst/doc/ALLintro.Rnw"
library(ALL)
data(ALL)
show(ALL)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 58 "vignettes/ALL/inst/doc/ALLintro.Rnw"
print(summary(pData(ALL)))


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 60 "vignettes/ALL/inst/doc/ALLintro.Rnw"
hist(cvv <- apply(exprs(ALL),1,function(x)sd(x)/mean(x)))


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 62 "vignettes/ALL/inst/doc/ALLintro.Rnw"
ok <- cvv > .08 & cvv < .18
fALL <- ALL[ok,]
show(fALL)

allx2 <- data.frame(t(exprs(fALL)), class=ALL$BT)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 69 "vignettes/ALL/inst/doc/ALLintro.Rnw"
library(rpart)
rp1 <- rpart(class~.,data=allx2)
plot(rp1)
text(rp1)