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### chunk number 1: 
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#line 77 "vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw"
library(logitT)


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### chunk number 2: 
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#line 91 "vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw"
library(SpikeInSubset)
data(spikein95)  ## get the example data
groupvector<-c("A","A","A","B","B","B")  ## specify group affiliations
logitTex<-logitTAffy(spikein95, group=groupvector) 


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### chunk number 3: 
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#line 100 "vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw"
logitTex[1:10]


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 111 "vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw"
groupvector<-c("A","A","A","B","B","B")


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 121 "vignettes/logitT/inst/doc/logitT.Rnw"
pvals <- (1-pt(abs(logitTex),df=4))*2              ## calculate p-values
signifgenes<-names(logitTex)[pvals<0.01]           ## find probe sets with p-values smaller than 0.01
signifgenes