################################################### ### chunk number 1: one ################################################### #line 148 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" library(gaga) set.seed(10) n <- 100; m <- c(6,6) a0 <- 25.5; nu <- 0.109 balpha <- 1.183; nualpha <- 1683 probpat <- c(.95,.05) xsim <- simGG(n,m,p.de=probpat[2],a0,nu,balpha,nualpha,equalcv=TRUE) ################################################### ### chunk number 2: two ################################################### #line 170 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" xsim featureData(xsim) phenoData(xsim) a <- fData(xsim)[,c("alpha.1","alpha.2")] l <- fData(xsim)[,c("mean.1","mean.2")] x <- exprs(xsim) ################################################### ### chunk number 3: fig1aplot ################################################### #line 187 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" plot(density(x),xlab='Expression levels',main='') ################################################### ### chunk number 4: fig1bplot ################################################### #line 191 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" plot(l[,1],1/sqrt(a[,1]),xlab='Group 1 Mean',ylab='Group 1 CV') ################################################### ### chunk number 5: fig1a ################################################### #line 200 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 187 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#200#" plot(density(x),xlab='Expression levels',main='') #line 201 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 6: fig1b ################################################### #line 203 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 191 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#203#" plot(l[,1],1/sqrt(a[,1]),xlab='Group 1 Mean',ylab='Group 1 CV') #line 204 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 7: three ################################################### #line 242 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" groups <- pData(xsim)$group[c(-6,-12)] groups patterns <- matrix(c(0,0,0,1),2,2) colnames(patterns) <- c('group 1','group 2') patterns ################################################### ### chunk number 8: threebis ################################################### #line 260 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" patterns <- matrix(c(0,0,0,0,1,1,0,0,1,0,1,2),ncol=3,byrow=TRUE) colnames(patterns) <- c('CONTROL','CANCER A','CANCER B') patterns ################################################### ### chunk number 9: four ################################################### #line 301 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" patterns <- matrix(c(0,0,0,1),2,2) colnames(patterns) <- c('group 1','group 2') gg1 <- fitGG(x[,c(-6,-12)],groups,patterns=patterns,nclust=1,method='Gibbs',B=1000,trace=FALSE) gg2 <- fitGG(x[,c(-6,-12)],groups,patterns=patterns,method='EM',trace=FALSE) gg3 <- fitGG(x[,c(-6,-12)],groups,patterns=patterns,method='quickEM',trace=FALSE) ################################################### ### chunk number 10: five ################################################### #line 323 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" gg1 <- parest(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,burnin=100,alpha=.05) gg2 <- parest(gg2,x=x[,c(-6,-12)],groups,alpha=.05) gg3 <- parest(gg3,x=x[,c(-6,-12)],groups,alpha=.05) gg1 gg1$ci gg2 gg3 ################################################### ### chunk number 11: seven ################################################### #line 348 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" dim(gg1$pp) gg1$pp[1,] gg2$pp[1,] ################################################### ### chunk number 12: fig4aplot ################################################### #line 372 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='data',main='') ################################################### ### chunk number 13: fig4bplot ################################################### #line 376 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='shape',main='') ################################################### ### chunk number 14: fig4cplot ################################################### #line 381 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='mean',main='') ################################################### ### chunk number 15: fig4dplot ################################################### #line 386 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='shapemean',main='',xlab='Mean',ylab='1/sqrt(CV)') ################################################### ### chunk number 16: fig4a ################################################### #line 396 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 372 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#396#" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='data',main='') #line 397 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 17: fig4b ################################################### #line 399 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 376 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#399#" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='shape',main='') #line 400 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 18: fig4c ################################################### #line 403 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 381 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#403#" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='mean',main='') #line 404 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 19: fig4d ################################################### #line 406 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 386 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#406#" checkfit(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups,type='shapemean',main='',xlab='Mean',ylab='1/sqrt(CV)') #line 407 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 20: eight ################################################### #line 443 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" d1 <- findgenes(gg1,x[,c(-6,-12)],groups,fdrmax=.05,parametric=TRUE) d1.nonpar <- findgenes(gg1,x[,c(-6,-12)],groups,fdrmax=.05,parametric=FALSE,B=1000) dtrue <- (l[,1]!=l[,2]) table(d1$d,dtrue) table(d1.nonpar$d,dtrue) ################################################### ### chunk number 21: fig5plot ################################################### #line 466 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" plot(d1.nonpar$fdrest,type='l',xlab='Bayesian FDR',ylab='Estimated frequentist FDR') ################################################### ### chunk number 22: fig1 ################################################### #line 472 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" #line 466 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw#from line#472#" plot(d1.nonpar$fdrest,type='l',xlab='Bayesian FDR',ylab='Estimated frequentist FDR') #line 473 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" ################################################### ### chunk number 23: eightbis ################################################### #line 484 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" d2 <- findgenes(gg2,x[,c(-6,-12)],groups,fdrmax=.05,parametric=TRUE) d3 <- findgenes(gg3,x[,c(-6,-12)],groups,fdrmax=.05,parametric=TRUE) table(d1$d,d2$d) table(d1$d,d3$d) ################################################### ### chunk number 24: fc1 ################################################### #line 522 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" mpos <- posmeansGG(gg1,x=x[,c(-6,-12)],groups=groups,underpattern=1) fc <- mpos[,1]-mpos[,2] fc[1:5] ################################################### ### chunk number 25: nine ################################################### #line 562 "vignettes/gaga/inst/doc/gagamanual.Rnw" pred1 <- classpred(gg1,xnew=x[,6],x=x[,c(-6,-12)],groups,ngene=50,prgroups=c(.5,.5)) pred2 <- classpred(gg1,xnew=x[,12],x=x[,c(-6,-12)],groups,ngene=50,prgroups=c(.5,.5)) pred1 pred2