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### chunk number 1: 
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#line 97 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
library(copa)
library(colonCA)
data(colonCA)
head(pData(colonCA), 10)


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### chunk number 2: 
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#line 117 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
rslt <- copa(colonCA, as.numeric(pData(colonCA)[,3]))


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### chunk number 3:  eval=FALSE
###################################################
## #line 123 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
## plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon"))


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 129 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
plotCopa(rslt, idx = 1, col = c("lightgreen","salmon"))


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 147 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
tableCopa(rslt)


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### chunk number 6: 
###################################################
#line 155 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
summaryCopa(rslt, 9)


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### chunk number 7: 
###################################################
#line 171 "vignettes/copa/inst/doc/copa.Rnw"
prm <- copaPerm(colonCA, rslt, 9, 24)
sum(prm >= 9)