###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 51 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
  figdir <- 'figs_out'
  dir.create(figdir, showWarnings=FALSE)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
#line 177 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
library(clst)
data(iris)
dmat <- as.matrix(dist(iris[,1:4], method="euclidean"))
groups <- iris$Species


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 190 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
ii <- c(1,125)
plot(scaleDistPlot(dmat, groups, indices=ii,O=ii))


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 208 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
thresh <- findThreshold(dmat, groups, type="mutinfo")
str(thresh)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 220 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
thresh2 <- findThreshold(dmat, groups, type="mutinfo", prob=NA)
print(thresh2$interval)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 231 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
plot(do.call(plotDistances, thresh))


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 235 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
plot(do.call(plotDistances, thresh2))


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 273 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
ind <- 1
species <- gettextf('I. %s', groups[ind])
cat('class of "unknown" sample is',species)
dmat1 <- dmat[-ind,-ind]
groups1 <- groups[-ind]
dvect1 <- dmat[ind, -ind]
cc <- classify(dmat1, groups1, dvect1)
printClst(cc)


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 291 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
ind <- 125
species = gettextf('I. %s', groups[ind])
pp <- pull(dmat, groups, ind)
cc <- do.call(classify, pp)
cat(paste('class of "unknown" sample is', species))
printClst(cc)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
#line 307 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
loo <- lapply(seq_along(groups), function(i){
  do.call(classify, pull(dmat, groups, i))
})
matches <- lapply(loo, function(x) rev(x)[[1]]$matches)
result <- sapply(matches, paste, collapse='-')
table(ifelse(result=='','no match',result),groups)


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
#line 322 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
 confusion <- sapply(matches, length) > 1
 no_match <- sapply(matches, length) < 1
 plot(scaleDistPlot(dmat, groups, fill=confusion, O=confusion, X=no_match))


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
#line 338 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"

loo <- lapply(seq_along(groups), function(i){
 do.call(classify, c(pull(dmat, groups, i),minScore=0.65))
})

matches <- lapply(loo, function(x) rev(x)[[1]]$matches)
result <- sapply(matches, paste, collapse='-')
table(ifelse(result=='','no match',result),groups)


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
#line 351 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
 confusion <- sapply(matches, length) > 1
 no_match <- sapply(matches, length) < 1
 plot(scaleDistPlot(dmat, groups, fill=confusion, O=confusion,
                    X=no_match, indices=no_match))


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
#line 368 "vignettes/clst/inst/doc/clstDemo.Rnw"
printClst(loo[[118]])