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### chunk number 1: source package
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#line 73 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
library(SQUADD)


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### chunk number 2: instance
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#line 86 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
# construct instance of SquadSimResServiceImpl
fpath <- system.file("extdata", package="SQUADD")
folder <- file.path(fpath,"data_IAA")
sim <- simResService (folder=folder,
			  time= 45,
			  ncolor=5,
      		  legend= c("ARF(a)", "ARF(i)", "AR_Genes", "Aux/IAA", 
      		  "BES1/BZR1","BIN2","BR","BRI1BAK1","BRR_Genes","BRX","BR_Biosynthesis","BZR1","DO","IAA","IAA_Biosynthesis","NGA1", "PIN", "SCFTir1","StimAux", "StimBR"), indexDeno=1,
			  method="lowess")


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### chunk number 3: SimMatrix
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#line 108 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
sim["selectNode"] <-c("DO","IAA_Biosynthesis","BR_Biosynthesis", "IAA", "BR")
plotSimMatrix(sim)


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### chunk number 4: fittedValues
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#line 131 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
tab <- getFittedTable(sim)


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### chunk number 5: PredMap
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#line 154 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
plotPredMap(sim)


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### chunk number 6: FigPredMap
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#line 161 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
#line 154 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw#from line#161#"
plotPredMap(sim)
#line 162 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"


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### chunk number 7: CorrelationCircle
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#line 179 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
# Fill the field conditionList of the object sim 
sim["conditionList"] <- c("Normal", "brxlof", "BRrescue","brxarfilof","brxarfiBRrescue", "brxgof") 
plotCC(sim)


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### chunk number 8: figCorrCircle
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#line 187 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
#line 179 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw#from line#187#"
# Fill the field conditionList of the object sim 
sim["conditionList"] <- c("Normal", "brxlof", "BRrescue","brxarfilof","brxarfiBRrescue", "brxgof") 
plotCC(sim)
#line 188 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"


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### chunk number 9: 
###################################################
#line 214 "vignettes/SQUADD/inst/doc/SQUADD.Rnw"
sessionInfo()