################################################### ### chunk number 1: EICPspec1 ################################################### #line 336 "vignettes/CAMERA/inst/doc/CAMERA.Rnw" library(CAMERA) file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA") xs <- xcmsSet(file, method="centWave",ppm=30, peakwidth=c(5,10)) an <- xsAnnotate(xs) an <- groupFWHM(an) an <- findAdducts(an, polarity="positive") plotEICs(an, pspec=2, maxlabel=5) ################################################### ### chunk number 2: Pspec1 ################################################### #line 355 "vignettes/CAMERA/inst/doc/CAMERA.Rnw" plotPsSpectrum(an, pspec=2, maxlabel=5)