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### chunk number 1: 
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require(pint)
data(chromosome17)


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### chunk number 2: 
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models <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, windowSize = 10, chr = 17, arm = 'q')


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### chunk number 3: 
###################################################
plot(models, showTop = 10)


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### chunk number 4: 
###################################################
topGenes(models, 5)


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### chunk number 5:  eval=FALSE
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## model17qpCCA <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, windowSize = 10, chr = 17, arm = 'q', method = "pCCA", params = list("zDimension = 1")) 


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### chunk number 6: 
###################################################
model <- topModels(models, 1)[[1]]
plot(model, geneExp, geneCopyNum)