################################################### ### chunk number 1: SetUp Session ################################################### library(rtracklayer) session <- browserSession() ################################################### ### chunk number 2: Choose Genome ################################################### head(ucscGenomes()) ################################################### ### chunk number 3: Set Genome ################################################### genome(session) <- "hg18" ################################################### ### chunk number 4: Check Available Tracks ################################################### head(trackNames(session)) ################################################### ### chunk number 5: Simple Query eval=FALSE ################################################### ## query <- ucscTableQuery(session, "refGene") ################################################### ### chunk number 6: Get Table eval=FALSE ################################################### ## head(getTable(query)) ################################################### ### chunk number 7: Access SNPs ################################################### query <- ucscTableQuery(session, "snp130", GenomicRanges(57795963, 57815592, "chr12")) head(getTable(query)) ################################################### ### chunk number 8: SessionInfo ################################################### sessionInfo()