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### chunk number 1: 
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require(yeastRNASeq)
files <- list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"), full.names = TRUE, pattern = "bowtie$")
files


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### chunk number 2: 
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require(ShortRead)
aligned <- lapply(files, function(f) readAligned(f, type = "Bowtie"))
names(aligned) <- gsub(".fastq.bowtie", "", basename(files))


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### chunk number 3: 
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sapply(aligned, function(a) table(chromosome(a)))


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### chunk number 4: 
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a <- alphabetByCycle(sread(aligned[[1]]))
matplot(t(a), ylab = "reads", xlab = "cycle", type = "l")