################################################### ### chunk number 1: family-data ################################################### require(snpMatrix) data(families) head(genotypes) head(pedfile) ################################################### ### chunk number 2: mis-inheritances ################################################### mis <- misinherits(data=pedfile, snp.data=genotypes) dim(mis) ################################################### ### chunk number 3: per-subj-snp ################################################### per.subj <- apply(mis, 1, sum, na.rm=TRUE) per.snp <- apply(mis, 2, sum, na.rm=TRUE) par(mfrow = c(1, 2)) hist(per.subj) hist(per.snp) ################################################### ### chunk number 5: per-family ################################################### fam <- pedfile[rownames(mis), "familyid"] per.fam <- tapply(per.subj, fam, sum) par(mfrow = c(1, 1)) hist(per.fam) ################################################### ### chunk number 6: tdt-tests ################################################### tests <- tdt.snp(data=pedfile, snp.data=genotypes) cbind(p.value(tests, 1), p.value(tests,2)) qq.chisq(chi.squared(tests, 1), df=1)