################################################### ### chunk number 1: ################################################### require(ITALICS) ITALICSDataPATH <- attr(as.environment(match("package:ITALICSData",search())),"path") load(paste(ITALICSDataPATH,"/data/snpInfo.RData", sep="")) load(paste(ITALICSDataPATH,"/data/quartetInfo.RData", sep="")) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### ITALICSDataPATH <- attr(as.environment(match("package:ITALICSData",search())),"path") filename <- paste(ITALICSDataPATH,"/data/HF0844_Xba.CEL", sep="") headdetails <- readCelHeader(filename[1]) pkgname <- cleanPlatformName(headdetails[["chiptype"]]) quartetEffectFile <- paste(ITALICSDataPATH,"/data/Xba.QuartetEffect.csv", sep="") quartetEffect <- read.table(quartetEffectFile, sep=";", header=TRUE) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### profilSNPXba <- ITALICS(quartet$quartetInfo, snpInfo, formule="Smoothing+QuartetEffect+FL+I(FL^2)+I(FL^3)+GC+I(GC^2)+I(GC^3)") ################################################### ### chunk number 4: ################################################### plotProfile(profilSNPXba, Smoothing="Smoothing")