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### chunk number 1: doini
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library(GGtools)
data(hmceuB36.2021)
hmceuB36.2021


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### chunk number 2: lkex
###################################################
exprs(hmceuB36.2021)[1:5,1:5]


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### chunk number 3: lksn
###################################################
smList(hmceuB36.2021)
class(smList(hmceuB36.2021)[["20"]])


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### chunk number 4: lkr
###################################################
schunk = smList(hmceuB36.2021)[["20"]]
schunk@.Data[1:4,1:4]


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### chunk number 5: lkr2
###################################################
as(schunk[1:4,1:4], "character")


###################################################
### chunk number 6: dod
###################################################
pd = pData(hmceuB36.2021)
hmFou = hmceuB36.2021[, which(pd$mothid == 0 & pd$fathid == 0)]
f1 = gwSnpTests(genesym("CPNE1")~male, hmFou, chrnum(20))


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### chunk number 7: lkc
###################################################
schunk["NA06985", "rs4814683"]


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### chunk number 8: gets
###################################################
library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20071016)
s20 = getSNPlocs("chr20")
s20[ s20[,1] == 4814683, ]


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### chunk number 9: dotr
###################################################
library(Biostrings)
IUPAC_CODE_MAP