### R code from vignette source 'vignettes/segmentSeq/inst/doc/methylationAnalysis.Rnw'

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### code chunk number 1: methylationAnalysis.Rnw:23-24
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  library(segmentSeq)


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### code chunk number 2: methylationAnalysis.Rnw:29-30 (eval = FALSE)
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## cl <- makeCluster(8)


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### code chunk number 3: methylationAnalysis.Rnw:34-35
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  cl <- NULL


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### code chunk number 4: methylationAnalysis.Rnw:40-49
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datadir <- system.file("extdata", package = "segmentSeq")
files <- c("short_18B_C24_C24_trim.fastq_CG_methCalls",
"short_Sample_17A_trimmed.fastq_CG_methCalls",
"short_13_C24_col_trim.fastq_CG_methCalls",
"short_Sample_28_trimmed.fastq_CG_methCalls")

mD <- readMeths(files = files, dir = datadir,
libnames = c("A1", "A2", "B1", "B2"), replicates = c("A","A","B","B"),
nonconversion = c(0.004777, 0.005903, 0.016514, 0.006134))


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### code chunk number 5: methDist
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par(mfrow = c(2,1))
dists <- plotMethDistribution(mD, main = "Distributions of methylation", chr = "Chr1")
plotMethDistribution(mD, subtract = rowMeans(sapply(dists, function(x) x[,2])), main = "Differences between distributions", chr = "Chr1")


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### code chunk number 6: figMethDist
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par(mfrow = c(2,1))
dists <- plotMethDistribution(mD, main = "Distributions of methylation", chr = "Chr1")
plotMethDistribution(mD, subtract = rowMeans(sapply(dists, function(x) x[,2])), main = "Differences between distributions", chr = "Chr1")


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### code chunk number 7: methylationAnalysis.Rnw:75-76
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sD <- processAD(mD, gap = 300, squeeze = 10, filterProp = 0.05, verbose = TRUE, strandSplit = TRUE, cl = cl)


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### code chunk number 8: methylationAnalysis.Rnw:85-87
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hS <- heuristicSeg(sD, mD, prop = 0.2, cl = cl, gap = 100, getLikes = FALSE)
hS


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### code chunk number 9: methylationAnalysis.Rnw:92-93
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hS <- mergeMethSegs(hS, mD, gap = 5000, cl = cl)


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### code chunk number 10: methylationAnalysis.Rnw:98-99
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hSL <- lociLikelihoods(hS, mD, cl = cl)


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### code chunk number 11: plotMeth
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plotMeth(mD, hSL, chr = "Chr1", limits = c(1, 50000), cap = 10)


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### code chunk number 12: figplotMeth
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plotMeth(mD, hSL, chr = "Chr1", limits = c(1, 50000), cap = 10)


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### code chunk number 13: methylationAnalysis.Rnw:138-139
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groups(hSL) <- list(NDE = c(1,1,1,1), DE = c("A", "A", "B", "B"))


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### code chunk number 14: methylationAnalysis.Rnw:144-145
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hSL <- getPriors.BB(hSL, cl = cl)


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### code chunk number 15: methylationAnalysis.Rnw:150-151
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hSL <- getLikelihoods.BB(hSL, cl = cl)


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### code chunk number 16: methylationAnalysis.Rnw:156-157
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topCounts(hSL, "DE")