### R code from vignette source 'vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadLibAndData ################################################### options(width=100) library(phenoTest) data(eset) eset ################################################### ### code chunk number 2: preprocess ################################################### Tumor.size <- rnorm(ncol(eset),50,2) pData(eset) <- cbind(pData(eset),Tumor.size) pData(eset)[1:20,'lymph.node.status'] <- 'positive' ################################################### ### code chunk number 3: setVars2test ################################################### head(pData(eset)) survival <- matrix(c("Relapse","Months2Relapse"),ncol=2,byrow=TRUE) colnames(survival) <- c('event','time') vars2test <- list(survival=survival,categorical='lymph.node.status',continuous='Tumor.size') vars2test ################################################### ### code chunk number 4: runExpressionPhenoTest ################################################### epheno <- ExpressionPhenoTest(eset,vars2test,p.adjust.method='none') epheno ################################################### ### code chunk number 5: pValueAdjust ################################################### p.adjust.method(epheno) epheno <- pAdjust(epheno,method='BH') p.adjust.method(epheno) ################################################### ### code chunk number 6: ephenoSubsetByName ################################################### phenoNames(epheno) epheno[,'Tumor.size'] epheno[,2] epheno[,c(FALSE,FALSE,TRUE)] ################################################### ### code chunk number 7: ephenoSubsetByClass ################################################### phenoClass(epheno) epheno[,phenoClass(epheno)=='survival'] ################################################### ### code chunk number 8: ephenoGetMeans ################################################### head(getMeans(epheno)) ################################################### ### code chunk number 9: ephenoGetSummaries ################################################### head(getSummaryDif(epheno)) head(getFc(epheno)) head(getHr(epheno)) ################################################### ### code chunk number 10: ephenoGetSignif ################################################### head(getSignif(epheno)) ################################################### ### code chunk number 11: ephenoGetVars2test ################################################### getVars2test(epheno) ################################################### ### code chunk number 12: getSignatures ################################################### set.seed(777) sign1 <- sample(featureNames(eset))[1:20] sign2 <- sample(featureNames(eset))[1:50] mySignature <- list(sign1,sign2) names(mySignature) <- c('My first signature','Another signature') mySignature ################################################### ### code chunk number 13: makeGeneSets ################################################### library(GSEABase) myGeneSetA <- GeneSet(geneIds=sign1, setName='My first signature') myGeneSetB <- GeneSet(geneIds=sign2, setName='Another signature') mySignature <- GeneSetCollection(myGeneSetA,myGeneSetB) mySignature ################################################### ### code chunk number 14: barplotSignifSignatures ################################################### barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.99) ################################################### ### code chunk number 15: barplotSignifSignatures ################################################### barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.99) ################################################### ### code chunk number 16: barplotSignatures ################################################### barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature) ################################################### ### code chunk number 17: barplotSignatures ################################################### barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature) ################################################### ### code chunk number 18: heatmapPhenoTestHeat ################################################### pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='heat') ################################################### ### code chunk number 19: heatmapPhenoTestHeatPvals ################################################### pvals ################################################### ### code chunk number 20: heatmapPhenoTestHeat ################################################### pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='heat') ################################################### ### code chunk number 21: heatmapPhenoTestKaplan ################################################### pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='kaplan') ################################################### ### code chunk number 22: heatmapPhenoTestKaplanPvals ################################################### pvals ################################################### ### code chunk number 23: heatmapPhenoTest2 ################################################### pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test[1],heat.kaplan='kaplan') ################################################### ### code chunk number 24: gsea ################################################### my.gsea <- gsea(x=epheno,gsets=mySignature,B=1000,p.adjust='BH') my.gsea summary(my.gsea) ################################################### ### code chunk number 25: gseaPlot ################################################### plot(my.gsea) ################################################### ### code chunk number 26: plotGseaPrepare ################################################### my.gsea <- gsea(x=epheno[,'Relapse'],gsets=mySignature[1],B=100,p.adjust='BH') summary(my.gsea) ################################################### ### code chunk number 27: plotGseaEs ################################################### plot(my.gsea,es.nes='es',selGsets='My first signature') ################################################### ### code chunk number 28: plotGsea ################################################### plot(my.gsea,es.nes='es',selGsets='My first signature') ################################################### ### code chunk number 29: plotGseaWilcoxPrepare ################################################### my.gsea <- gsea(x=epheno[,'Relapse'],gsets=mySignature,B=100,test='wilcox',p.adjust='BH') summary(my.gsea) ################################################### ### code chunk number 30: plotGseaWilcox ################################################### plot(my.gsea,selGsets='My first signature') ################################################### ### code chunk number 31: plotGseaWilcox ################################################### plot(my.gsea,selGsets='My first signature')