### R code from vignette source 'vignettes/flowWorkspace/inst/doc/flowWorkspace.Rnw'

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### code chunk number 1: loadlib
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library(flowWorkspace)


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### code chunk number 2: findxml
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d<-system.file("extdata",package="flowWorkspaceData");
wsfile<-list.files(d,pattern="A2004Analysis.xml",full=T)


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### code chunk number 3: openws
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ws<-openWorkspace(wsfile)
summary(ws)


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### code chunk number 4: parsews
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G<-parseWorkspace(ws,name=1,path=ws@path,isNcdf=FALSE,cleanup=FALSE,keep.indices=TRUE); #import the first group
#Lots of output here suppressed for the vignette.


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### code chunk number 5: summary
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G


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### code chunk number 6: plotGH
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gh<-G[[1]]
plot(gh)


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### code chunk number 7: getNodes
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nodelist<-getNodes(gh)
nodelist


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### code chunk number 8: getNodes-prefix
###################################################
getNodes(gh,prefix=TRUE)


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### code chunk number 9: getNodes-path
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getNodes(gh,isPath=TRUE)


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### code chunk number 10: getGate
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node<-nodelist[3]
g<-getGate(gh,node)
g


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### code chunk number 11: getBound
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getBoundaries(gh,node)


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### code chunk number 12: getProp
###################################################
getProp(gh,node)


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### code chunk number 13: getStats
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getPopStats(gh)


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### code chunk number 14: plotPCV
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print(plotPopCV(gh))


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### code chunk number 15: plotGate
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plotGate(gh,nodelist[6],lwd=2,cex=2)


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### code chunk number 16: plotGate-overlay
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plotGate(gh,y=nodelist[6],overlay=7)


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### code chunk number 17: annotate
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d<-data.frame(sample=factor(c("sample 1", "sample 2")),treatment=factor(c("sample","control")) )
pd<-pData(G)
pd<-cbind(pd,d)
pData(G)<-pd
pData(G);


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### code chunk number 18: getData-gh
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getData(gh,node)


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### code chunk number 19: getData-G
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getData(G,node);


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### code chunk number 20: getInd
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table(getIndices(gh,node))


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### code chunk number 21: getCMAT
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C<-getCompensationMatrices(ws);
C


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### code chunk number 22: getTrans
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T<-getTransformations(ws)
names(T)
names(T[[1]])
T[[1]][[1]]


###################################################
### code chunk number 23: tnames
###################################################
A<-names(T)
B<-names(T[[1]])


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### code chunk number 24: getsamples
###################################################
getSamples(ws);


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### code chunk number 25: getgroups
###################################################
getSampleGroups(ws)


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### code chunk number 26: create gs
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data(GvHD)
#select raw flow data
fs<-GvHD[1:3]


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### code chunk number 27: transform
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tf <- transformList(colnames(fs[[1]])[3:6], asinh, transformationId="asinh")
fs_trans<-transform(fs,tf)


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### code chunk number 28: create gs
###################################################
gs <- GatingSet(fs_trans)
gs
gh1<-gs[[1]]
getNodes(gh1) 


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### code chunk number 29: add-rectGate
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rg <- rectangleGate("FSC-H"=c(200,400), "SSC-H"=c(250, 400),
                    filterId="rectangle")

nodeID<-add(gs, rg)
nodeID
getNodes(gh1)  


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### code chunk number 30: add-quadGate
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qg <- quadGate("FL1-H"=2, "FL2-H"=4)
nodeIDs<-add(gs,qg,parent="rectangle")
nodeIDs 
getNodes(gh1)


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### code chunk number 31: add-boolGate
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bg<-booleanFilter(`CD15 FITC-CD45 PE+|CD15 FITC+CD45 PE-`)
bg
nodeID2<-add(gs,bg,parent="rectangle")
nodeID2
getNodes(gh1)


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### code chunk number 32: recompute
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recompute(gs)


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### code chunk number 33: plotGate-rect
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plotGate(gh1,"rectangle") #plot one Gate


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### code chunk number 34: plotGate-multiple
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plotGate(gh1,nodeIDs) 


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### code chunk number 35: plotGate-gh-all
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plotGate(gh1)


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### code chunk number 36: plotGate-gh-bool (eval = FALSE)
###################################################
## plotGate(gh1,bool=TRUE)


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### code chunk number 37: plotGate-gs
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plotGate(gs,nodeID)


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### code chunk number 38: plot-gh (eval = FALSE)
###################################################
## plot(gh1,bool=TRUE)


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### code chunk number 39: rm
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Rm('rectangle', gs)
getNodes(gh1)


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### code chunk number 40: archive (eval = FALSE)
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## 	archive(gs,file="gs.tar")
## 	G1<-unarchive(file="gs.tar")


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### code chunk number 41: clone (eval = FALSE)
###################################################
## 	gs_cloned<-clone(gs)