### R code from vignette source 'vignettes/safe/inst/doc/SAFEmanual2.Rnw'

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### code chunk number 1: initialize
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library(safe)
library(multtest)
library(hu6800.db)


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### code chunk number 2: SAFEmanual2.Rnw:95-97
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data(golub)
dimnames(golub)[[1]] <- golub.gnames[,3]


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### code chunk number 3: SAFEmanual2.Rnw:108-109
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table(golub.cl)


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### code chunk number 4: SAFEmanual2.Rnw:129-132
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C.mat <- getCmatrix(gene.list = as.list(hu6800PATH), as.matrix = TRUE,
                    present.genes = golub.gnames[,3], min.size = 10)
dimnames(C.mat)[[2]] <- paste("KEGG:",dimnames(C.mat)[[2]],sep="") 


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### code chunk number 5: SAFEmanual2.Rnw:135-137
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set.seed(12345)
results <- safe(golub, golub.cl, platform = "hu6800",annotate = "KEGG", min.size = 10)


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### code chunk number 6: SAFEmanual2.Rnw:150-151
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results


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### code chunk number 7: SAFEmanual2.Rnw:171-172
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gene.results(results,cat.name="KEGG:00860")


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### code chunk number 8: SAFEmanual2.Rnw:196-202
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y.vec <- c("ALL","AML")[1+golub.cl]
results2 <- safe(golub, y.vec, C.mat, Pi.mat = 1)
results3 <- safe(golub, golub.cl, C.mat, local="t.Welch", Pi.mat = 1)
round(cbind(Student1 = results@local.stat[1:3],
            Student2 = results2@local.stat[1:3],
            Welch = results3@local.stat[1:3]),3)


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### code chunk number 9: SAFEmanual2.Rnw:217-221
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y.vec <- rep(1:19,2)*rep(c(-1,1),each=19)
y.vec
results2 <- safe(golub, y.vec, C.mat, local="t.paired",
                 Pi.mat = 1)


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### code chunk number 10: SAFEmanual2.Rnw:231-235
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y.vec <- rexp(38)
cens <- rep(0:1,c(30,8))
results2 <- safe(golub, y.vec, C.mat, local="z.COXPH", Pi.mat = 1, 
                 args.local = list(censor=cens))


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### code chunk number 11: SAFEmanual2.Rnw:247-254
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local.Wilcoxon<-function(X.mat,y.vec, ...){
  return(function(data,trt = (y.vec == 1)) {
    return(as.numeric(trt %*% apply(data,1,rank)))
  })
}
results2 <-  safe(golub, golub.cl, C.mat, Pi.mat = 1,
                  local="Wilcoxon")


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### code chunk number 12: SAFEmanual2.Rnw:256-258
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cbind(Student1 = round(results@local.stat[1:3],3),
      Rank.Sum=results2@local.stat[1:3])


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### code chunk number 13: SAFEmanual2.Rnw:297-300
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set.seed(12345)
results2 <- safe(golub, golub.cl, C.mat, global="Fisher",
                 args.global = list(one.sided=F,genelist.length=200))


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### code chunk number 14: SAFEmanual2.Rnw:302-303
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results2


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### code chunk number 15: SAFEmanual2.Rnw:309-310
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1-phyper(12-1, 70, 3051-12, 200)


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### code chunk number 16: SAFEmanual2.Rnw:337-339
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set.seed(12345)
results <- safe(golub, golub.cl, C.mat, error = "FDR.YB", alpha = 0.25)


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### code chunk number 17: SAFEmanual2.Rnw:341-342
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results


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### code chunk number 18: SAFEmanual2.Rnw:377-380
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set.seed(12345)
results2 <- safe(golub, golub.cl, C.mat, method = "bootstrap", 
                 error = "FDR.BH")


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### code chunk number 19: SAFEmanual2.Rnw:382-383
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results2


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### code chunk number 20: SAFEmanual2.Rnw:414-416
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results2 <- safe(golub, golub.cl, platform="hu6800", annotate="PFAM",
                 min.size=10,method="bootstrap")


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### code chunk number 21: SAFEmanual2.Rnw:418-419
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results2


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### code chunk number 22: SAFEmanual2.Rnw:433-438
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GO.list <- as.list(hu6800GO2ALLPROBES)
C.mat.CC <- getCmatrix(keyword.list = GO.list, GO.ont = "CC", 
            present.genes = dimnames(golub)[[1]], min.size = 10,
            max.size=200)
results2 <- safe(golub, golub.cl, C.mat.CC, method="bootstrap")


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### code chunk number 23: plot1
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safeplot(results)


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### code chunk number 24: plot2
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safeplot(results,cat.name="KEGG:00010")


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### code chunk number 25: plot3
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safedag(results2,filter=1)


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### code chunk number 26: plot4
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safedag(results2, filter=1,top="GO:0044428")