### R code from vignette source 'vignettes/ggbio/inst/doc/tracks.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: gr-simul
###################################################
set.seed(1)
library(GenomicRanges)
## simulate short reads
gr1 <- GRanges("chr1", IRanges(start = sample(1:10, size = 50, replace = TRUE),
                               width = 4))
## simulate exons
grl <- GRangesList(GRanges("chr1", IRanges(start = c(1, 10, 20), width = 5)),
                   GRanges("chr1", IRanges(start = c(1, 20), width = 5)))


###################################################
### code chunk number 2: shortread-plot
###################################################
library(ggbio)
p1 <- autoplot(gr1)
print(p1)


###################################################
### code chunk number 3: exons-plot
###################################################
p2 <- autoplot(grl)
print(p2)


###################################################
### code chunk number 4: grid_arrange
###################################################
library(gridExtra)
grid.arrange(p1, p2)


###################################################
### code chunk number 5: tracks-sr-ex
###################################################
tracks(p1, p2)


###################################################
### code chunk number 6: tracks-sr-ex-more
###################################################
tracks("Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(3, 1))
## this is equivalent to 
## tracks(list("Short Reads" = p1, "Exons" = p2))


###################################################
### code chunk number 7: tracks-sr-ex-more2
###################################################
## to use unit(), load grid.
library(grid)
tracks("Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(3, 1), label.text.cex = 2,
       label.text.color = "white", label.bg.fill = "brown", 
       label.width = unit(5, "line"))


###################################################
### code chunk number 8: plus
###################################################
## change track plot background color
p.track <- tracks("Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(4, 1), 
           label.text.color = "white", label.bg.fill = "brown",
           track.plot.color = c("white", "#FFFEDB"))
## apply theme_null() to all track
p.track + theme_null()


###################################################
### code chunk number 9: specific-plus
###################################################
## only apply change to one track
p.track@grobs[[1]] <- p.track@grobs[[1]] + theme_null()
p.track


###################################################
### code chunk number 10: zoom-in (eval = FALSE)
###################################################
## p.track <- tracks("Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(4, 1)) 
## 
## ## remove data outside c(1, 6)
## p.track + xlim(c(1, 6))
## 
## ## keep original data, simply zooming to [1, 10]
## p.track + coord_cartesian(xlim = c(1, 10))
## 
## ## more easy with ggbio's 'xlim<-', you need to print it to see the effect.
## xlim(p.track) <- c(1, 6)
## p.track
## 
## ## or update, if a graphic device is open, you can see the effect, immediately. 
## update(p.track, xlim = c(1, 4))


###################################################
### code chunk number 11: backup-and-reset
###################################################
p.track
xlim(p.track) <- c(1, 4)
p.track
## back it up
p.track <- backup(p.track)
## change to another view
xlim(p.track) <- c(1, 10)
p.track
reset(p.track)


###################################################
### code chunk number 12: ggplot
###################################################
p.gg <- qplot(x = seq(from = 1, to = 20, length.out = 500), y = rnorm(500), geom = "area")
p.track <- tracks("density" = p.gg, "Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(2, 5, 1))
p.track


###################################################
### code chunk number 13: ggplot-facet
###################################################
p.gg <- qplot(data = mtcars, x = mpg, y = wt, facets = cyl ~.)
p.track <- tracks("Random" = p.gg, "Short Reads" = p1, "Exons" = p2, heights = c(4, 5, 2))
p.track


###################################################
### code chunk number 14: session-info
###################################################
sessionInfo()