### R code from vignette source 'vignettes/ggbio/inst/doc/rangeslinkedtodata.Rnw'

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### code chunk number 1: make
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library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
library(ggbio)
data(genesymbol, package = "biovizBase")
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
model <- exonsBy(txdb, by = "tx")
model17 <- subsetByOverlaps(model, genesymbol["RBM17"])
exons <- exons(txdb)
exon17 <- subsetByOverlaps(exons, genesymbol["RBM17"])
## reduce to make sure there is no overlap
## just for example
exon.new <- reduce(exon17)
## suppose
set.seed(1)
values(exon.new)$sample1 <- rnorm(length(exon.new), 10, 3)
values(exon.new)$sample2 <- rnorm(length(exon.new), 10, 10)
values(exon.new)$significant <- c(TRUE, rep(FALSE,length(exon.new)-1))
              
head(exon.new)


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### code chunk number 2: link1
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plotRangesLinkedToData(exon.new, stat.col = 1:2)
## equivilent to 
## plotRangesLinkedToData(exon.new, stat.col = c("sample1", "sample2"))


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### code chunk number 3: link3
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plotRangesLinkedToData(exon.new, stat.col = 1:2, size = 3, linetype = 4)


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### code chunk number 4: link4
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plotRangesLinkedToData(exon.new, stat.col = 1:2, size = 3, linetype = 4,
                       sig = "significant", sig.col = c("gray70", "red"))


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### code chunk number 5: rangeslinkedtodata.Rnw:121-122
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sessionInfo()