### R code from vignette source 'vignettes/ggbio/inst/doc/mismatch.Rnw'

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### code chunk number 1: load
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library(ggbio)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
data("genesymbol", package = "biovizBase")


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### code chunk number 2: load_bam
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bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam", package="biovizBase")
library(Rsamtools)
bf <- BamFile(bamfile)


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### code chunk number 3: BamFile
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ggplot() + stat_mismatch(bf, which = genesymbol["RBM17"],
                         bsgenome = Hsapiens,show.coverage = TRUE) +
  coord_cartesian(xlim = c(6134000, 6135000)) + theme_bw()


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### code chunk number 4: pag
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library(biovizBase)
pgr <- pileupAsGRanges(bamfile, region = genesymbol["RBM17"])
pgr.match <- pileupGRangesAsVariantTable(pgr, genome = Hsapiens)


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### code chunk number 5: pag_v
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ggplot() + stat_mismatch(pgr.match)


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### code chunk number 6: pag_v2
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p1 <- ggplot() + stat_mismatch(pgr.match, show.coverage = FALSE, geom = "bar") +
  xlim(6132060,6132120) + ylim(0, 10)
p2<- ggplot() + stat_mismatch(pgr.match, geom = "segment") +
  xlim(6132060,6132120) + ylim(0, 10)
tracks(segment = p2, bar = p1) +scale_x_sequnit('mb')


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### code chunk number 7: autoplot
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autoplot(bf, which = genesymbol["RBM17"], 
         bsgenome = Hsapiens,show.coverage = TRUE, 
         stat = "mismatch", geom = "bar") +   xlim(6132060,6132120) + ylim(0, 10)


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### code chunk number 8: sessionInfo
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sessionInfo()