### R code from vignette source 'vignettes/ggbio/inst/doc/karyogram.Rnw'

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### code chunk number 1: loading
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library(ggbio)
data(hg19IdeogramCyto, package = "biovizBase")
head(hg19IdeogramCyto)
## default pre-set color stored in 
getOption("biovizBase")$cytobandColor


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### code chunk number 2: default
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autoplot(hg19IdeogramCyto, layout = "karyogram", cytoband = TRUE) 


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### code chunk number 3: change-order
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library(GenomicRanges)
hg19 <- keepSeqlevels(hg19IdeogramCyto, paste0("chr", c(1:22, "X", "Y")))
head(hg19)
autoplot(hg19, layout = "karyogram", cytoband = TRUE)


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### code chunk number 4: cyto-normal
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library(GenomicRanges)
## it's a 'ideogram'
biovizBase::isIdeogram(hg19)
## set to FALSE
autoplot(hg19, layout = "karyogram", cytoband = FALSE, aes(fill = gieStain)) +
  scale_fill_giemsa()


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### code chunk number 5: load-RNAediting
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data(darned_hg19_subset500, package = "biovizBase")
dn <- darned_hg19_subset500
head(dn)
## add seqlengths
## we have seqlegnths information in another data set
data(hg19Ideogram, package = "biovizBase")
seqlengths(dn) <- seqlengths(hg19Ideogram)[names(seqlengths(dn))]
## now we have seqlengths
head(dn)
## then we change order
dn <- keepSeqlevels(dn, paste0("chr", c(1:22, "X")))
autoplot(dn, layout = "karyogram")
## this equivalent to 
## autoplot(seqinfo(dn))


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### code chunk number 6: load-RNAediting-color
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## since default is geom rectangle, even though it's looks like segment
## we still use both fill/color to map colors
autoplot(dn, layout = "karyogram", aes(color = exReg, fill = exReg))


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### code chunk number 7: load-RNAediting-color-NA
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## since default is geom rectangle, even though it's looks like segment
## we still use both fill/color to map colors
autoplot(dn, layout = "karyogram", aes(color = exReg, fill = exReg)) +
  scale_color_discrete(na.value = "brown")


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### code chunk number 8: load-RNAediting-color-fake
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dn2 <- dn
seqlengths(dn2) <- rep(max(seqlengths(dn2)), length(seqlengths(dn2)) )
autoplot(dn2, layout = "karyogram", aes(color = exReg, fill = exReg)) 


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### code chunk number 9: plotKaryogram (eval = FALSE)
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## plotKaryogram(dn)
## plotKaryogram(dn, aes(color = exReg, fill = exReg))


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### code chunk number 10: low-default
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## plot ideogram
p <- ggplot() + layout_karyogram(hg19, cytoband = TRUE)
p
## eqevelant autoplot(hg19, layout = "karyogram", cytoband = TRUE)


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### code chunk number 11: low-default-addon
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p <- p + layout_karyogram(dn, geom = "rect", ylim = c(11, 21), color = "red")
## commented line below won't work
## the cytoband fill color has been used already.
## p <- p + layout_karyogram(dn, aes(fill = exReg, color = exReg), geom = "rect")
p


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### code chunk number 12: edit-space
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## plot chromosome space
p <- autoplot(seqinfo(dn))
## make sure you pass rect as geom
## otherwise you just get background
p <- p + layout_karyogram(dn, aes(fill = exReg, color = exReg), geom = "rect")
values(dn)$pvalue <- rnorm(length(dn))
p + layout_karyogram(dn, aes(x = start, y = pvalue), ylim = c(10, 30), geom = "line", color = "red")
p


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### code chunk number 13: sessionInfo
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sessionInfo()