### R code from vignette source 'vignettes/ggbio/inst/doc/ideogram.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: load
###################################################
library(biovizBase)
data(hg19IdeogramCyto)
## data structure
hg19IdeogramCyto
## return TRUE, if the object could be visualized by ggbio
biovizBase::isIdeogram(hg19IdeogramCyto) 


###################################################
### code chunk number 2: ideo-ori
###################################################
library(ggbio)
p <- plotIdeogram(hg19IdeogramCyto, "chr1")
print(p)
## big, need to be resized.


###################################################
### code chunk number 3: ideo-ori-viewport
###################################################
## to use function viewport, load grid
library(grid)
print(p, vp = viewport(height = 0.15, width = 1))


###################################################
### code chunk number 4: ideo-ori-zoom
###################################################
plotIdeogram(hg19IdeogramCyto, "chr1",  zoom.region = c(1e8, 1.5e8))


###################################################
### code chunk number 5: ideo-ori-xlabel
###################################################
plotIdeogram(hg19IdeogramCyto, "chr1", xlabel = TRUE)


###################################################
### code chunk number 6: ideo-ori-nocyto
###################################################
library(GenomicRanges)
## there are no seqlengths
seqlengths(hg19IdeogramCyto)
## so directly plot will try to aggregate and estimate lengths of chromosomes, 
## this is not accurate
data(hg19IdeogramCyto)
p1 <- plotIdeogram(hg19IdeogramCyto, "chr1", cytoband = FALSE, xlabel = TRUE)
## let's assign a short length to this object
hg19_fake_chr1 <- hg19IdeogramCyto
seqlengths(hg19_fake_chr1)[1] <- 1e8
## this will use it's "seqlengths" information to visualize the chromosome.
p2 <- plotIdeogram(hg19_fake_chr1, "chr1", cytoband = FALSE, xlabel = TRUE)
## see the difference
tracks(p1, p2)


###################################################
### code chunk number 7: hg19-nocyto
###################################################
data(hg19Ideogram)
head(hg19Ideogram)


###################################################
### code chunk number 8: getIdeogram (eval = FALSE)
###################################################
## library(rtracklayer)
## ## need UCSC connection
## head(ucscGenomes())


###################################################
### code chunk number 9: getideo-no (eval = FALSE)
###################################################
## library(biovizBase)
## obj <- getIdeogram()


###################################################
### code chunk number 10: mm9
###################################################
library(biovizBase)
## just need information about chromosome lengths
mm9 <- getIdeogram("mm9", cytoband = FALSE)
## have 
head(mm9)
## need information about cytoband
mm9 <- getIdeogram("mm9")
head(mm9)
## with extra column 'name' and 'gieStain'.


###################################################
### code chunk number 11: cytoband
###################################################
cyto.def <- getOption("biovizBase")$cytobandColor
cyto.def
setdiff(unique(values(mm9)$gieStain), names(cyto.def))


###################################################
### code chunk number 12: cyto-color
###################################################
p1 <- plotIdeogram(mm9, "chr1")
cyto.def
cyto.new <- c(cyto.def, c(gpos33 = "grey80", gpos66 = "grey60"))
## method 1:
optlist <- getOption("biovizBase")
optlist$cytobandColor <- cyto.new
options(biovizBase = optlist)
p2 <- plotIdeogram(mm9, "chr1") 
p3 <- plotIdeogram(mm9, "chr1") + scale_fill_manual(values = cyto.new)
tracks(p1, p2, p3)


###################################################
### code chunk number 13: seqinfo
###################################################
data(hg19Ideogram)
seqs <- seqinfo(hg19Ideogram)
class(seqs)
p1 <- autoplot(seqs["chr1"])
p2 <- autoplot(seqs["chr1"], FALSE)
tracks(type1 = p1, type2 = p2)


###################################################
### code chunk number 14: session-info
###################################################
sessionInfo()