### R code from vignette source 'vignettes/gCMAP/inst/doc/keggReactome.Rnw'

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### code chunk number 1: keggReactome.Rnw:25-26
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options(warn=-1)


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### code chunk number 2: load.annotation
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library(reactome.db)
library(gCMAP)
library(Matrix)

## use multiple cores if available
options(mc.cores=2)

## retrieve entrez ids of pathway members
pathways <- as.list(reactomePATHID2EXTID)

## retrieve names
pathway.names <- unlist(mget(names(pathways), reactomePATHID2NAME))
pathway.names <- pathway.names[ match(names( pathways),
                                      names( pathway.names )) ]

## remove categories with duplicated or missing names
filtered.names <- duplicated( names( pathway.names)) | is.na(pathway.names)
pathways <- pathways[ ! filtered.names ]
pathway.names <- pathway.names[ ! filtered.names]


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### code chunk number 3: subset.collections
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head( pathway.names )
human <- grepl( "^Homo sapiens", pathway.names)


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### code chunk number 4: reactome.human
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pheno.data <- as(
    data.frame(name=pathway.names[ human ],
               row.names=names(pathways[ human ])
              ),
              "AnnotatedDataFrame")

i.matrix <- Matrix::t( incidence( pathways[ human ] ) )
reactome.hs <- CMAPCollection( i.matrix,
                              phenoData=pheno.data,
                              annotation='org.Hs.eg',
                              signed=rep( FALSE, ncol(i.matrix)) )


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### code chunk number 5: pathway2cmap
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pathway2cmap <- function(pathways, pathway.names, selected, anno){  
  pheno.data <- as(
                   data.frame(name=pathway.names[ selected ],
                              row.names=names(pathways[ selected ])
                              ),
                   "AnnotatedDataFrame")
  i.matrix <- Matrix::t( incidence(pathways[ selected ]) )
  CMAPCollection(i.matrix,
                 phenoData=pheno.data,
                 annotation=anno,
                 signed=rep(FALSE, ncol(i.matrix)))
}


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### code chunk number 6: reactome.mouse
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mouse <- grepl( "^Mus musculus", pathway.names)
reactome.mm <- pathway2cmap( pathways, pathway.names, 
                             selected=mouse, "org.Mm.eg")


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### code chunk number 7: kegg
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library(KEGG.db)

## retrieve entrez ids of pathway members
pathways <- as.list(KEGGPATHID2EXTID)

## retrieve names
pathway.names <- unlist(mget(sub("^...", "",names(pathways)), KEGGPATHID2NAME))

## species-specific CMAPCollections
human <- grepl( "^hsa", names( pathways ))
KEGG.hs <- pathway2cmap( pathways, pathway.names, selected=human, "org.Hs.eg")

mouse <-  grepl( "^mmu", names( pathways ))
KEGG.mm <- pathway2cmap( pathways, pathway.names, selected=mouse, "org.Mm.eg")


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### code chunk number 8: sessionInfo
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  sessionInfo()