### R code from vignette source 'vignettes/BigMatrix/inst/doc/BigMatrix.Rnw'

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### code chunk number 1: <options
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  options(width=90)


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### code chunk number 2: introcode
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library(BigMatrix)
data.file = file.path(tempdir(),"bigmat","ds")
x = matrix(1:9,ncol=3,dimnames=list(letters[1:3],LETTERS[1:3]))
ds = BigMatrix(x,data.file)
ds[,1] = 3:1
ds[,1]


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### code chunk number 3: reattach
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ds$descpath
saveRDS(ds,file=file.path(tempdir(),"foo.rds"))
new.ds = readRDS(file=file.path(tempdir(),"foo.rds"))
new.ds[1:2,2:3]


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### code chunk number 4: writepermissions
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ds[1,1] = 5
Sys.chmod(ds$descpath,"0444")
tryCatch( { ds[1,1] = 10 }, error = function(e) { print(e) } )
Sys.chmod(ds$descpath,"0644")
ds[1,1] = 10
ds[,]
as(ds,"matrix")


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### code chunk number 5: S4methods
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nrow(ds)
ds$nrow()
ncol(ds)
ds$ncol()
dim(ds)
ds$dim()
dimnames(ds)
ds$dimnames()
length(ds)
ds$length()


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### code chunk number 6: factorcode
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data.file = file.path(tempdir(),"bigmat","fs")
x = matrix( c(rep(1,5),rep(2,4)) ,ncol=3,dimnames=list(letters[1:3],LETTERS[1:3]))
fs = BigMatrixFactor(x,data.file,levels=c("AA","BB"))
fs[,]
as(fs,"factor")
as(fs,"matrix")
fs$levels
levels(fs)


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### code chunk number 7: factortricks
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x = as(fs,"factor")
x
x == "BB"
y = as(fs,"matrix")
y
y == 2
rowMeans( y == 2 )


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### code chunk number 8: eset
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library(Biobase)
eset = ExpressionSet()
assayDataElement(eset,"exprs") = ds
exprs(eset)[1:2,2:3]

new.dir = file.path(tempdir(),"newbigmat")
dir.create(new.dir,showWarnings=FALSE)
file.copy(ds$descpath, new.dir)
file.copy(ds$datapath, new.dir)
updateAssayDataElementPaths( assayData(eset), new.dir )
assayDataElement(eset,"exprs")$descpath
attachAssayDataElements( eset )