### R code from vignette source 'vignettes/VanillaICE/inst/doc/crlmmDownstream.Rnw'

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### code chunk number 1: loadData
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library(oligoClasses)
library(VanillaICE)
library2(crlmm)
library2(SNPchip)
library2(IRanges)
data(cnSetExample, package="crlmm")


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### code chunk number 2: coerce2OligoSnpSet
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oligoSet <- as(cnSetExample, "oligoSnpSet")


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### code chunk number 3: hmm
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res <- hmm(oligoSet, p.hom=0, TAUP=1e8)


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### code chunk number 4: xyplot
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rd <- res[!state(res)%in%c(3,4), ]
fig <- SNPchip:::xyplotLrrBaf(rd[1:2, ], oligoSet,
			      frame=200e3,
			      panel=SNPchip:::xypanelBaf,
			      scales=list(x="free"),
			      par.strip.text=list(cex=0.6),
			      pch=".")


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### code chunk number 5: latticeFig
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print(fig)