### R code from vignette source 'vignettes/QUALIFIER/inst/doc/QUALIFIER.Rnw'

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### code chunk number 1: loadPackage-QUALIFIER
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library(QUALIFIER)


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### code chunk number 2: loadPackage-parallel (eval = FALSE)
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## library(Rmpi)
## library(snowfall)
## library(ncdfFlow)


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### code chunk number 3: parseWorkspace (eval = FALSE)
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## ws<-openWorkspace("~/QA_MFI_RBC_bounary_eventsV3.xml")
## G<-parseWorkspace(ws,execute=TRUE,isNcdf=TRUE,nslaves=6)
## saveNcdf("G","gatingHierarchy")
## save(G,file="gatingHierarchy/GS.Rda")


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### code chunk number 4: saveDB (eval = FALSE)
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## anno<-read.csv("~/FCS_File_mapping.csv")###read annotation data
## db<-new.env()
## saveToDB(db,G,anno)


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### code chunk number 5: getQAStats (eval = FALSE)
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## library(parallel)
## getQAStats(db)
## ls(db)
## db$statsOfGS[1:5,]


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### code chunk number 6: save-all (eval = FALSE)
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## save(db,file="ITNQASTUDY.rda")#save stats


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### code chunk number 7: loadData
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data("ITNQASTUDY")


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### code chunk number 8: makeQaTask
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checkListFile<-file.path(system.file("data",package="QUALIFIER"),"qaCheckList.csv.gz")
qaTask.list<-makeQaTask(db,checkListFile)
qaTask.list[1:2]


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### code chunk number 9: qaTask-RBCLysis
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qaTask.list[["RBCLysis"]]


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### code chunk number 10: qaCheck-RBCLysis
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qaCheck(qaTask.list[["RBCLysis"]],outlierfunc=outlier.cutoff,lBound=0.8)


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### code chunk number 11: plot-RBCLysis
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plot(qaTask.list[["RBCLysis"]])


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### code chunk number 12: plot-RBCLysis-subset
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plot(qaTask.list[["RBCLysis"]],subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L')


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### code chunk number 13: plot-RBCLysis-subset2 (eval = FALSE)
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## plot(qaTask.list[["RBCLysis"]],subset=name=='06087181_F01_I010.fcs',scatterPlot=TRUE)


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### code chunk number 14: qaTask-MNC
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qaTask.list[["MNC"]]


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### code chunk number 15: qaCheck-MNC
###################################################
qaCheck(qaTask.list[["MNC"]],z.cutoff=1.5)


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### code chunk number 16: plot-MNC
###################################################
plot(qaTask.list[["MNC"]])


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### code chunk number 17: plot-MNC-scatter (eval = FALSE)
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## 
## plot(qaTask.list[["MNC"]]
## 		,scatterPlot=TRUE
## 		,subset=coresampleid==11730)


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### code chunk number 18: qaTask-BoundaryEvents
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qaTask.list[["BoundaryEvents"]]


###################################################
### code chunk number 19: qaCheck-BoundaryEvents
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qaCheck(qaTask.list[["BoundaryEvents"]]
		,sum(proportion) ~ RecdDt | name
		,outlierfunc=outlier.cutoff
		,uBound=0.0003
		)


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### code chunk number 20: plot-BoundaryEvents
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plot(qaTask.list[["BoundaryEvents"]],proportion ~ RecdDt | channel)


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### code chunk number 21: qaCheck-MFIOverTime
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qaCheck(qaTask.list[["MFIOverTime"]]
		,rFunc=rlm
		,z.cutoff=3
		)

plot(qaTask.list[["MFIOverTime"]]
		,y=MFI~RecdDt|stain
		,subset=channel%in%c('FITC-A')
		,rFunc=rlm
		,par=list(scales=list(y=c(relation="free")))
	)


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### code chunk number 22: plot-spike
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qaCheck(qaTask.list[["spike"]]
			,outlierfunc=outlier.t
			,alpha=0.00001)

plot(qaTask.list[["spike"]],y=spike~RecdDt|channel
		,subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L'&channel%in%c('FITC-A')
	)



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### code chunk number 23: tubesEvents
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tubesEvents<-read.csv(file.path(system.file("data",package="QUALIFIER"),"tubesevents.csv.gz"),row.names=1)
tubesEvents<-QUALIFIER:::.TubeNameMapping(db,tubesEvents)


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### code chunk number 24: plot-NumberOfEvents
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qaCheck(qaTask.list[["NumberOfEvents"]]
		,formula=count ~ RecdDt | Tube
		,outlierfunc=outlier.cutoff
		,lBound=0.8*tubesEvents
	)
plot(qaTask.list[["NumberOfEvents"]]
		,subset=Tube=='CD8/CD25/CD4/CD3/CD62L'
	)


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### code chunk number 25: tubesEvents
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tubesEvents


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### code chunk number 26: plot-RedundantStain
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qaCheck(qaTask.list[["RedundantStain"]],z.cutoff=1)
plot(qaTask.list[["RedundantStain"]]
		,y=proportion~coresampleid|channel:stain
		,subset=stain%in%c('CD8')
	)


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### code chunk number 27: qa.report (eval = FALSE)
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## qaReport(qaTask.list,outDir="~/output",plotAll=FALSE)