### R code from vignette source 'vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/GenomicFeatures.Rnw'

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### code chunk number 1: loadGenomicFeatures
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library("GenomicFeatures")


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### code chunk number 2: supportedUCSCtables
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supportedUCSCtables()[1:4, ]


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### code chunk number 3: makeTranscriptDbFromUCSC (eval = FALSE)
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## mm9KG <- makeTranscriptDbFromUCSC(genome = "mm9", tablename = "knownGene")


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### code chunk number 4: discoverChromNames
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head(getChromInfoFromUCSC("hg19"))


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### code chunk number 5: makeTranscriptDbFromBiomart (eval = FALSE)
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## mmusculusEnsembl <-
##    makeTranscriptDbFromBiomart(biomart = "ensembl",
##                               dataset = "mmusculus_gene_ensembl")


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### code chunk number 6: saveFeatures 1 (eval = FALSE)
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## saveFeatures(mm9KG, file="fileName.sqlite")


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### code chunk number 7: loadFeatures-1 (eval = FALSE)
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## mm9KG <- loadFeatures("fileName.sqlite")


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### code chunk number 8: transcripts0
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samplefile <- system.file("extdata", "UCSC_knownGene_sample.sqlite",
                          package="GenomicFeatures")
txdb <- loadFeatures(samplefile)
txdb


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### code chunk number 9: transcripts1
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GR <- transcripts(txdb)
GR[1:3]


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### code chunk number 10: transcripts2
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GR <- transcripts(txdb, vals <- list(tx_chrom = "chr1", tx_strand = "+"))
length(GR)
unique(strand(GR))


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### code chunk number 11: transcriptsBy
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GRList <- transcriptsBy(txdb, by = "gene")
length(GRList)
names(GRList)[10:13]
GRList[11:12]


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### code chunk number 12: exonsBy
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GRList <- exonsBy(txdb, by = "tx")
length(GRList)
names(GRList)[10:13]
GRList[[12]]


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### code chunk number 13: internalID
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tx_ids <- names(GRList)
vals <- list(tx_id=tx_ids)
txs <- transcripts(txdb, vals, columns = c("tx_id", "tx_name"))
head(values(txs))


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### code chunk number 14: introns-UTRs
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length(intronsByTranscript(txdb))
length(fiveUTRsByTranscript(txdb))
length(threeUTRsByTranscript(txdb))


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### code chunk number 15: RNASEQData
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gr <- GRanges(
    seqnames = rep("chr5",4),
    ranges = IRanges(start = c(244620, 244670, 245804, 247502),
                     end = c(244652, 244702, 245836, 247534)),
    strand = rep("+", 4))


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### code chunk number 16: transcriptsByOverlaps
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transcriptsByOverlaps(txdb, gr)


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### code chunk number 17: exonsGroupedByTx
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annotGr <- exonsBy(txdb, "tx")


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### code chunk number 18: findOverlaps
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OL <- findOverlaps(query = annotGr, subject = gr)


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### code chunk number 19: getAnswers
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tdata <- annotGr[unique(queryHits(OL)),]
tdata
length(tdata)


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### code chunk number 20: SessionInfo
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sessionInfo()