### R code from vignette source 'vignettes/GGBase/inst/doc/newSNPloc.Rnw'

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### code chunk number 1: lkcl (eval = FALSE)
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## getClass("snpLocs")
## data(hsSnpLocs)
## hsSnpLocs


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### code chunk number 2: lkc (eval = FALSE)
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## snpLocs.Hs(chrnum(20), rsid("rs6060535"))


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### code chunk number 3: doco (eval = FALSE)
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## humanSNPlocs = list()
## library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506)
## if (file.exists("humanSNPlocs.rda")) 
##   load("humanSNPlocs.rda") else {
##   for (i in c(as.character(1:22), "X", "Y")) {
##    curc = getSNPlocs(paste("chr", i, sep=""))
##  rsid.int = as.integer(curc[,1])
##  loc.int = as.integer(curc[,3])
##  humanSNPlocs[[i]] = rbind(rsid=rsid.int, loc=loc.int)
## # cat(i)
##  }
## }


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### code chunk number 4: doco2 (eval = FALSE)
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## require(org.Hs.eg.db)
## chrl = org.Hs.egCHRLENGTHS
## offs = c(0, cumsum(as.double(chrl[1:22])))
## 


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### code chunk number 5: junk (eval = FALSE)
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## #setClass("snpLocs", representation(locEnv="environment",
## #  offsets="numeric", organism="character", versions="character"))
## #
## #setMethod("show", "snpLocs", function(object) {
## # cat("snpLocs instance, organism ", object@organism, "\n")
## # cat("based on:\n")
## # print(object@versions)
## #})


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### code chunk number 6: docont (eval = FALSE)
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## el = new.env()
## getv = function(x) installed.packages()[x, "Version"]
## for (i in names(humanSNPlocs))
##   assign(i, humanSNPlocs[[i]], el)
## hsSnpLocs = new("snpLocs", locEnv=el, offsets=offs,
##  organism="Hs", versions=c(
##    org.Hs.eg.db=getv("org.Hs.eg.db"),
##    SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506 = getv("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506")))