affy.txt
########################################################################### # Bioconductor short course, FHCRC, December 2002 # Lab on affy package ###########################################################################
data() data(package="affy") demo(package="affy") demo(affy)
########################################################################### # Reading in data ###########################################################################
ReadAffy(widget=TRUE)
########################################################################### # Dilution dataset ###########################################################################
data(Dilution) ? Dilution class(Dilution) slotNames(Dilution) ? AffyBatch Dilution
# Description of target samples phenoData(Dilution) pData(Dilution)
# Description of probe sequences gnames<-geneNames(Dilution) length(gnames) pnames<-probeNames(Dilution) length(pnames) length(pnames)/length(gnames)
# Subsettting dil1<-Dilution[1] class(dil1)
cel1<-Dilution[[1]] class(cel1)
# PM, MM intensities PM<-pm(Dilution) probes<-exprs(Dilution)
########################################################################### # Diagnostic plots ###########################################################################
# Images ########
# Log transformation image(Dilution[1])
# No transformation image(cel1)
# Boxplots (log_2) ########## # Note scanner effect stronger than concentration effect boxplot(Dilution,col=c(2,2,3,3))
# Density plots (log_2) ############### hist(Dilution, type="l", col=c(2,2,3,3), lty=rep(1:2,2), lwd=3)
# MA-plots ########## # Too slow with Dilution data(affybatch.example) mva.pairs(exprs(affybatch.example)) mva.pairs(pm(affybatch.example))
########################################################################### # Normalization ###########################################################################
# expresso (use defaults) ##########
masDil<-expresso(Dilution,widget=TRUE) class(masDil)
boxplot(data.frame(log(exprs(masDil),2)))
# rma #####
rmaDil<-rma(Dilution) class(masDil)
boxplot(data.frame(exprs(rmaDil)))
# normalize ########### normalize.AffyBatch.methods normalize.methods(Dilution) #normalize?quantiles
normDil<-normalize(Dilution,"quantiles") class(normDil) boxplot(normDil)
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