############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data MutationalPatterns ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘MutationalPatterns/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘MutationalPatterns’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘Introduction_to_MutationalPatterns.Rmd’ using rmarkdown 2024-11-19 17:51:57.209 R[84357:455283220] XType: com.apple.fonts is not accessible. 2024-11-19 17:51:57.210 R[84357:455283220] XType: XTFontStaticRegistry is enabled. Quitting from lines 536-543 [use_bayesnmf] (Introduction_to_MutationalPatterns.Rmd) Error: processing vignette 'Introduction_to_MutationalPatterns.Rmd' failed with diagnostics: there is no package called 'ccfindR' --- failed re-building ‘Introduction_to_MutationalPatterns.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘Introduction_to_MutationalPatterns.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted