############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data SingleR ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘SingleR/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘SingleR’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * cleaning src * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘SingleR.Rmd’ using rmarkdown Quitting from lines 96-106 [unnamed-chunk-6] (SingleR.Rmd) Error: processing vignette 'SingleR.Rmd' failed with diagnostics: there is no package called 'scuttle' --- failed re-building ‘SingleR.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘SingleR.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted