############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### chmod a+r HuBMAPR -R && E:\biocbuild\bbs-3.21-bioc\R\bin\R.exe CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data HuBMAPR ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file 'HuBMAPR/DESCRIPTION' ... OK * preparing 'HuBMAPR': * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package to build vignettes * creating vignettes ... ERROR --- re-building 'hubmapr_vignettes.Rmd' using rmarkdown Quitting from lines 199-229 [derived using left_join] (hubmapr_vignettes.Rmd) Error: processing vignette 'hubmapr_vignettes.Rmd' failed with diagnostics: ℹ In argument: `Body mass index = as.numeric(.data$`Body mass index`)`. Caused by error in `` .data$`Body mass index` ``: ! Column `Body mass index` not found in `.data`. --- failed re-building 'hubmapr_vignettes.Rmd' SUMMARY: processing the following file failed: 'hubmapr_vignettes.Rmd' Error: Vignette re-building failed. Execution halted